Archives par tags: Métagénomique

Découverte :
Métagénomique et Graphique de Recrutement : chercher l'aiguille dans la botte de foin !

Un intérêt certain se développe pour la compréhension d'écosystèmes complexes comme les eaux, les sols ou encore les microbiomes (plus de 90% des cellules du corps humain sont en fait les bactéries qui peuplent son tube digestif). Plusieurs difficultés se posent :

la plupart des organismes présents ne sont pas facilement cultivables et donc individualisables
tous les organismes ne sont pas présents en quantité égale et, par extension, d'importance égale dans le fonctionnement de l'écosystème, sans corrélation stricte entre abondance et importance
certains de ces écosystèmes sont extrêmement riches et des centaines d'espèces peuvent se cacher dans quelques grammes de terreau ou quelques millilitres d'océan

Face à une tâche aussi ingrate que passionnante, les chercheurs ont trouvé une solution dans la célèbre phrase associée à la Croisade des Albigeois : «Tuez-les tous, Dieu reconnaîtra les siens», en l'adaptant légèrement :
«Séquencez-les tous, un doctorant fera le tri»
Ainsi naquît la Métagénomique et de grands projets comme le séquençage du rumen des vaches ou du microbiome humain, le projet METASOIL, le Global Ocean Survey et plus récemment le projet TARA...

Bioinformatique :
La métagénomique et les défis pour la bioinformatique au goût #IHMC2012

On vous avait dit il y a peu qu'on allait vous parler du Congrès international sur le microbiome humain (International Human Microbiome Congress 2012). Pour quelques raisons, votre humble serviteure a tardé avec son forfait. Mais voici que c'est maintenant chose faite : nous espérons que la frustration sera vite oubliée 😉

Bioinformatique :
Exclusif : Bioinfo-fr au Congrès sur le microbiome humain #IHMC2012

Le Congrès international sur le microbiome humain 2012 (International Human Microbiome Congress 2012) a commencé hier, le 19 mars 2012, au Palais Brongniart à Paris. Bioinfo-fr était présent, évidemment 😉 Voici une petite mise en bouche.

Bioinformatique :
Métagénomique : différences fondamentales avec la génomique

La métagénomique ? késako ?
 Depuis quelques années, la métagénomique semble s'installer de plus en plus parmi les sciences du vivant. Bien que plusieurs techniques et modi operandi se cachent derrière le terme "métagénomique", on peut y apposer une définition générale : la métagénomique vise à étudier l'ensemble des génomes issus d'un même milieu ainsi que les interactions entre ces génomes...