Archives par tags: Génomique

Bioinformatique :
Comment organiser sa veille en Bioinformatique ?

Librement traduit, complété et adapté de l’article “How to Stay Current in Bioinformatics/Genomics” par Stephen Turner. Stephen est "assistant professor" (c'est à dire professeur non encore titularisé) en santé publique, et directeur du bioinformatics core de l'Université de Virginie, et tient le blog Getting Things Done in Genetics & Bioinformatics Research.
Plusieurs personnes ayant demandé à Stephen comment il restait au courant de ce qu’il se passait dans son domaine, il a décidé de partager sa stratégie sur son blog...

J'ai lu :
J’ai lu : Bioinformatique – Génomique et post-génomique

Suite à l'article de Guillaume, voici le deuxième article de la rubrique J’ai lu, portant sur le livre « Bioinformatique – Génomique et post-génomique ».
Bioinformatique – Génomique et post-génomique
Ouvrage de Frédéric Dardel et François Képès, professeurs à l'École polytechnique, publié en 2002 aux Éditions École polytechnique. Une partie de l’œuvre est disponible sur google docs...

Bioinformatique :
Les éléments transposables : de l’appellation "ADN poubelle" à leur étude.

Les éléments transposables sont des séquences d'ADN mobiles dont l'existence à été mise en évidence par Barbara McClintock dans les années 40 chez le maïs. Ces séquences sont présentes dans toutes les branches de l'arbre du vivant et peuvent représenter une grande partie du génome (environ 40% du génome chez l'Homme et jusqu'à 90% chez le blé). L'universalité et la mobilité de ces séquences accréditent l'idée que les éléments transposables jouent un rôle dans l'évolution et la plasticité des génomes, ce qui est prouvé dans le maïs où un gène impliqué dans la pigmentation est dans certains cas inhibé par un élément transposable qui, lorsque il s'excise, donne un pigment violet au maïs...

Bioinformatique :
Introduction à Circos

La visualisation de données est un problème récurrent dans un grand nombre de disciplines. En bioinformatique, il est souvent difficile de représenter de manière efficace des quantités massives de données. Une « bonne » représentation graphique doit être adaptée au type de données que l’on souhaite visualiser et surtout aux résultats que l’on souhaite mettre en évidence. Par exemple, l’histogramme est un bon moyen d'étudier la répartition d’une variable, un graphe  est un moyen de visualisation efficace pour représenter des interactions, etc...

Astuce :
Galaxy: Bien plus qu'un gestionnaire de workflows

Qu'est-ce que Galaxy ?
Galaxy est une application web écrite en Python destinée à faciliter la manipulation et l'analyse des données, dans le cadre de la recherche biomédicale. Elle permet d'utiliser des logiciels habituellement exécutés en ligne de commande de manière graphique, grâce à un système de plugins (« outils ») en XML et de templates Mako. Ces outils sont particulièrement puissants car ils peuvent exécuter n'importe quel langage ou programme...

Bioinformatique :
Métagénomique : différences fondamentales avec la génomique

La métagénomique ? késako ?
 Depuis quelques années, la métagénomique semble s'installer de plus en plus parmi les sciences du vivant. Bien que plusieurs techniques et modi operandi se cachent derrière le terme "métagénomique", on peut y apposer une définition générale : la métagénomique vise à étudier l'ensemble des génomes issus d'un même milieu ainsi que les interactions entre ces génomes...