Bioinformatique :
Quel bioinformaticien êtes-vous ?

Il est temps de reprendre le clavier et de calmer votre manque d'articles. Nous allons nous y remettre tout doucement en vous proposant aujourd'hui une vision que nous pensons juste, bien que parfois un peu décalée, des divers types de bioinformaticiens existants.
Si vous êtes vous-même un bioinformaticien averti, ces différents "portraits" devraient vous rappeler des collègues ou même, tout simplement, vous...

Opinion :
Comment organiser son travail ?

L'organisation du travail peut sembler facile, ce n'est pas toujours le cas, surtout lorsque l'on est impliqué dans 2 ou 3 projets à la fois. Comment se souvenir de ce que l'on a fait il y a un mois alors même que l'on ne sait plus ce que l'on a fait la veille ? Où sont mes documents dont j'ai besoin pour finir ce script ? Qu'est-ce que j'ai fait de ce foutu papier qui parle de la méthode que je dois appliquer ?
Qui d'entre nous ne s'est jamais retrouvé confronté à ce genre de casse-tête ? Très peu j'imagine...

Entretien :
Questions à... Ioannis Xenarios

Il s'agit de notre deuxième interview et après Jean-François Gibrat nous avons décidé d'aller nous promener un peu en Suisse. Nous y avons rencontré Ioannis Xenarios, directeur des groupes Vital-IT et Swiss-Prot du SIB: institut Suisse de Bioinformatique, mais aussi professeur à l'Université de Lausanne, et nous en avons profité pour lui poser quelques questions.

Astuce :
SQLite

Dans un précédent article, nous vous avons parlé des bases de données, leur importance et leur intérêt. Ici je vais vous parler de SQLite, une bibliothèque donnant accès à un moteur de base de données relationnelle qui vous permettra de travailler avec du SQL et cela sans avoir besoin de configurer ou d'installer quoi que ce soit: simple, rapide et efficace. Vous pouvez à loisir l'inclure dans tous vos projets, le code source de SQLite étant dans le domaine public...

Découverte :
Clusters et pipelines avec LSF

Aujourd'hui petit mash-up de deux articles précédemment publiés dans nos colonnes. Comme je l'avais promis, je vais vous présenter ma méthode pour faire du pipelining avec le gestionnaire de ressources de notre cluster. Si vous n'avez pas compris la phrase précédente, je vous invite à aller (re-)lire l'article sur les pipelines et celui sur les clusters, tout devrait être plus clair. Je vais présenter une idée simple : comment identifier chacune de vos commandes sur un cluster et utiliser cette identification pour les lier dans un pipeline...

Découverte :
Un tour d'horizon des bases de données consacrées au métabolisme

La toute première activité enzymatique a été découverte par Anselme Payen, un chimiste industriel français qui a piqué, grâce à son génie, la domination du marché de borax aux néerlandais. C'était une α-amylase, isolée à partir d'un extrait de malt, et capable de découper l'amidon en glucose. Nommée initialement diastase (synonyme d'"enzyme" à l'heure actuelle), c'était la première d'une longue série d'enzymes découvertes depuis et partageant le même suffixe : "ase"...

Bioinformatique :
Les identifiants : a (name)space oddity

Sur Bioinfo-fr.net, nous avons plusieurs fois parlé des bases de données biologiques. Que ce soit du point de vue de la gestion, de l'exploitation ou même du stockage physique. J'aimerai revenir aujourd'hui sur un souci qui se présente souvent lors de l'exploitation de plusieurs bases de données : les identifiants.
Un objet biologique dans une base de données est représenté par un identifiant...

Opinion :
Lâchez vos coms!

Je souhaiterais partager avec vous dans ce billet quelques petites choses qui relèvent plus de l'anecdote personnelle que de l'article sérieux. J'espère que vous ne m'en voudrez pas si je prends le risque de baisser un peu le niveau de ce blog, mais ça fait un moment que le sujet me trottait en tête.

Les commentaires sont nos amis, il faut les aimer aussi
Il y a quelques temps, j'ai eu un petit débat de fin de journée avec un collègue qui a un bagage très informatique...

J'ai lu :
J'ai lu : Information is Beautiful 2nd Edition

Suite à l'article Data Visualisation ou l’art de se faire comprendre (et à un voyage opportun à Londres), j'ai investi dans THE livre de référence en data visualisation.
Information is Beautiful 2nd Edition
Cet ouvrage de David McCandless, publié en décembre 2012 (1ere édition 2010) aux éditions Collins n'est disponible qu'en anglais.

Sujet
Le sujet de ce livre est bien évidemment l'art de mettre en forme des données...

Découverte :
Que faire de nos données biologiques produites ?

Qu'on soit affilié à un laboratoire de génomique, d'imagerie ou encore de protéomique nous avons tous un point commun : nous devons avoir un moyen fiable et dont la pérennité ne laisse pas à désirer pour ce qui est de la gestion de nos données produites/recueillies.
Les vieux sages vous diront, à juste titre, qu'il n'existe pas de meilleur moyen pour garantir le stockage de nos connaissances que de les graver sur des blocs de pierres et de les stocker dans un bunker à 50 mètres de profondeur...