Bioinformatique :
Présentation du Master Bioinformatique de Bordeaux

Crédits : u-bordeaux (tous droits réservés)

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Présentation

Foyer du fondateur de #bioinfo-fr (ainsi que quelques habitués), le Master de BioInformatique de l’Université Bordeaux 1 existe depuis 2003. Les cours sont dispensés à la fois sur le campus Pessac/Talence (université de Bordeaux 1) et le campus Carreire (université de Bordeaux Segalen). Ces deux campus se partagent respectivement les cours du domaine informatique et biologique, en partenariat avec le LaBRI (Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique).

Formation

Cette formation en 2 ans ne demande de pré-requis ni en informatique ni en algorithmique, étant plutôt axée sur l'apprentissage de l'informatique par des étudiants en biologie. Cela ne signifie pas que le niveau informatique est bas : certaines collaborations avec les Masters informatique environnants vous permettront d'aller plus loin dans vos connaissances. Ainsi, en conjuguant un niveau accessible et une atmosphère propice aux échanges plus pointus, l'équipe pédagogique vous donne toutes les opportunités pour pouvoir ensuite approfondir les domaines qui vous intéressent.

Crédits : LaBRI (tous droits réservés)

Les principaux thèmes abordés sont (dans le désordre) : Protéomique, SQL, Imagerie, Algorithmique, Programmation Orientée Object, Phylogénie, Métabolomique, L'utilisation de systèmes UNIX, Modélisation, Génomique,... Les Unités d'Enseignements (UE) s'actualisent environ tous les deux ans pour rester dans l'air du temps.
A l'issue du Master, les étudiants peuvent partir en thèse ou en milieu professionnel assez rapidement au niveau Ingénieur d'Étude dans les instituts publics français.
La formation se déroule de la façon progressive suivante :
  • la première année est une formation académique composée de cours magistraux et de travaux pratiques finissant par 3 mois de projet de programmation (PDP) : les étudiants travaillent en groupes de 3 à 5 personnes sur des sujets définis et encadrés par les responsables de la formation qui jouent alors le rôle de clients.
  • la deuxième année, plus intense en terme de cours et projets collectifs mais aussi individuels, se termine par six mois de stage où l'étudiant devra mettre à profit sa formation dans un laboratoire ou une entreprise de son choix. Les dirigeants du Master incitent les étudiants à partir de Bordeaux pour une autre ville (sur le territoire français mais aussi à l'étranger) et leur permettent de bénéficier du large réseau d'anciens qui se sont implantés un peu partout dans le monde au fil des années. Il sera ensuite demandé à l'étudiant stagiaire de produire un compte-rendu qu'il devra exposer devant un jury et un public (principalement composé des étudiants du Master et des maîtres de stages). L'étudiant aura alors acquis une première expérience - deuxième si on compte le PDP - dans le monde du travail, un atout certain lors de l'entrée dans la vie active.
Crédits : u-bordeaux1 (tous droits réservés)

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À qui s'adresse le Master ?

Une licence de Biologie, ou équivalente est nécessaire pour postuler dans ce Master. L'objectif de cette formation est d'initier à l'utilisation des techniques et des méthodes informatiques dont la maîtrise est indispensable dans les services de recherche et développement des secteurs professionnels considérés (pharmacie, santé, etc.).
Tout étudiant sans notion informatiques pourra acquérir des bases solides en bioinformatique pour peu que celui-ci soit assez autonome dans sa formation. Les étudiants ayant déjà de l'expérience dans ce domaine ne seront pas déçus pour autant. L'enseignement de l'informatique est très différent de la Biologie : le "par coeur" redouté et dénoncé par certains y a une place quasi nulle et des dissertations ne sont pas demandées. C'est grâce à la pratique intensive ("bouffer du code" dans le jargon 🙂 ) que l'étudiant acquerra les connaissances nécessaires.

Le Master en chiffres

L'effectif varie peu d'une promotion à la suivante et on compte environ une quinzaine d'étudiants (en moyenne, du moins depuis la promotion 2008). Il y a généralement quelques abandons/reconversions pendant la formation, soit environ 85% de réussite au final.

6 mois après la fin des études, on observe environ 10% d'étudiants en recherche d'emploi, environ 40% en thèse, environ 40% en CDD et enfin environ 10% qui se reconvertissent (systèmes et réseaux, management, biologie de paillasse...). La majorité des étudiants viennent de formations de Biologie (Biochimie, Biologie des Organismes, Microbiologie...). Il arrive que quelques étudiants proviennent d'une licence de bioinformatique ou d'informatique.

Maison des naabs

Merci aux responsables du CREMI pour les autorisations. Crédits photographiques : Joris S. et Charlotte H. (actuels M1 - Promo 2013)

Ce que vous devez retenir

  • Programme d'apprentissage de la formation flexible et intéressant.
  • Panel étendu d'options à choisir, en plus des cours obligatoires, grâce aux cours donnés par la faculté de Bordeaux I et II. L'étudiant pourra se perfectionner en informatique, mais aussi en biologie (sous réserve des contraintes d'emploi du temps, bien entendu 🙂 )
  • Rencontre de professionnels : dans le cadre d'un enseignement, des professionnels de la bioinformatique sont conviés à donner un séminaire sur leurs cursus, leur métiers et leurs expériences. C'est l'occasion pour les étudiants de M2 de prendre contact avec la bioinformatique de tous les jours.
  • Ambiance et réseau social : il n'y a pas de concurrence entre les étudiants, l'entraide et la fraternité sont encouragées. À cet effet, plusieurs moyens de communication sont à disposition des étudiants (groupes de discussions, canaux IRC) pour permettre l'entraide. Grâce à ces médias, un contact interpromotions est possible, les étudiants pouvant alors bénéficier de l'expérience et des conseils de leurs aînés.
  • Les 6 mois de stage : importante expérience. De nombreuses possibilités avec les entités environnantes (INRA, INRIA, CNRS, LaBRI, CBiB...) dans le public ou privé (Dassault Systèmes, Sanofi, ...) et à l'étranger (Maastricht, Brisbane, Lausanne, Genève, ...). Les débouchés sont donc variés et le réseau d'anciens étudiants donne au Master de Bordeaux une visibilité internationale.

Avis des étudiants (actuels et anciens)

Logo master. Crédits : Mouss (licence CC-by-SA 2.0)

Logo Master. Crédits : Mouss (licence CC-by-SA 2.0)

Si j'ai fait ce Master c'est parce qu'il propose une double formation. Ainsi, il est possible de travailler soit dans la biologie, soit dans l'informatique, soit dans la bio-informatique. La formation est plutôt difficile mais accessible même pour ceux n'ayant jamais programmé.
Au niveau de l'ambiance, contrairement aux autres Masters, nous gardons contact avec les anciennes promotions ce qui est très pratique pour la recherche de stage ou d'emploi.
Quang Phi-vu Vu, M2 actuellement en stage à l'UNIL
Je ne regrette pas une seule seconde d'avoir fait ce Master. Dans l'ensemble, les enseignants choisissent des applications pratiques qui nous parlent, qu'elles soient très liées à la biologie ou simplement créatives et originales. De plus, comme les étudiants viennent de formations très variées, les points forts des uns deviennent vite une aide précieuse pour les autres. Ainsi, une promotion qui favorise l'entraide peut atteindre un excellent niveau dans une ambiance très agréable. C'est dans cet objectif que les canaux IRC ont été créés. L'expérience montre qu'il s'agit d'un outil formidable de travail et d'échange au-delà de la promotion et qu'il stimule la solidarité.
Nous nous retrouvions souvent en dehors des cours pour travailler ensemble, et ceux qui avaient compris certains points difficiles les expliquaient de nouveau aux autres avec leurs propres mots. En dix ans d'études universitaires, c'est la seule fois où j'ai connu ça, et ça n'a pas de prix.
Nisaea, actuellement en poste à l'EMBL
Le Master m’a permis d’associer deux disciplines que j’affectionnais particulièrement : la biologie, d’une part, que j’ai étudiée durant ma licence, et l’informatique que je pratiquais de façon ludique avant le Master. La formation est construite pour acquérir graduellement les compétences en informatique nécessaires en s’appuyant notamment sur des projets qui permettent d’acquerir une réelle expérience professionnelle, et de développer des compétences d’organisation, et de travail de groupe. Compétences qui se sont avérées particulièrement utiles par la suite.
Cédric D., doctorant à l'EML - HITS.

Le mot des responsables du Master :

L'existence même de ce blog montre tout l'intérêt de promouvoir la communication entre les étudiants, futurs salariés d'un univers professionnel parfois difficile et donc merci aux initiateurs du projet.
Nos objectifs sont non seulement d'aider nos étudiants à acquérir des connaissances mais aussi des méthodes de travail qui leur permettront de réussir leur intégration dans le monde professionel. Ce Master est pour l'équipe pédagogique  une occasion de pratiquer la transdiciplinarité qui est un exercice difficile, nous apprécions donc d'autant plus cette atmosphère de travail (parfois très rude) et de convivialité qui règne chez nos étudiants.
Marie Beurton-Aimar, co-responsable du Master
Pour en savoir plus :
Présentation de la formation et le site web des étudiants (assez lent du fait de l'hébergeur gratuit).

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Les logos d'universités sont utilisés ici en accord avec l'Article L513-6 du Code de Propriété Intellectuelle.

Merci également à Mouss d'avoir réalisé le logo des étudiants du Master.

  • À propos de

11 commentaires sur “Présentation du Master Bioinformatique de Bordeaux

  1. hey heu juste pour details, les photos faudrait ajouter aux crédits de photos Charlotte H. et je pense qu'on soit la promo M1 de 2013!!! (ou alors on vient du futur!!!!!! :DD)

    • Ok, c'est rectifié pour les crédits. Désolé nous n'avions pas eu l'information...
      Pour votre promo, l'information est juste. L'année de promo est l'année de la sortie (donc votre année de M2), c'est la convention 🙂

  2. WOOHOO!

    Gros bravo à nallias, c'était pas de la tarte à sortir cet article, et il est juste im-pec-cable! ^o^

  3. Bon master qui m'a permis de découvrir (et d'aimer) la bioinformatique. Comme j'ai participé à la redaction de ce post je ne vais pas me répéter, mais j'insiste sur la super ambiance dans et entre les promos et le fait que Bordeaux est une chouette ville où il fait bon gambader et où le vin coule à flot, avis aux amateurs 😉

  4. Que dire à part que j'ai adoré ces deux années ? La formation est assez complète (et bien décrite dans l'article) et nous apprend bien la débrouille et la gestion des projets (souvent plusieurs en même temps). Ces connaissances sont particulièrement appréciées par les employeurs et reste un atout certain pour ceux les possédant !
    Si j'avais un conseil à donner pour un étudiant qui chercherait où aller pour un master de bioinfo ca serait : fonce à Bordeaux, en plus la ville est quasiment faite pour la vie étudiante ! A essayer d'urgence 🙂

  5. Très bon article, qui résume assez bien notre master!
    Effectivement, il y a une très bonne ambiance dans la promo, effectivement ca nous permet de progresser san une ambiance détendue mais surtout ça nous permet d'apprendre avec ce que les autres ont compris ou connaissaient déjà.
    On y apprend les bases de la bioinformatique mais surtout, tel que l'a fait remarqué MBA, des méthodes de travail, ce qui nous permet de toujours nous adapter à ces domaines en constantes évolution.
    Ayant migré de ma région natale pour pouvoir suivre ce master, j'ai vraiment apprécié l'ambiance qui y regnait ainsi que la ville de bordeaux qui est vraiment agréable pour les étudiants.
    Je la conseille fortement à ceux qui sont interessé par ce domaine, n'hesitez pas, foncez!

  6. Je trouve ce site très bien fait et je ne peux qu'être d'accord avec tout ce qui est dit du Master. Bravo !

    En tant qu'ancien, je peux même vous l'avouer : la bioinfo mène à tout... y compris aux maths 😉

    Bonne continuation

    $Moi =~ m/ex (etudiant|enseignant|bordelais|perl monger)/

    • Héhé salut Nico, notre perl master 🙂

      merci pour le commentaire, j'espères que tu vas bien.

  7. Merci à tous ceux qui ont participé à l'élaboration de l'article (nahoy, malicia, Yoann M., Nisaea...), à ceux qui ont participé à la correction (les responsables du master, Nisaea, Malicia, tadaima, ademcan et Mica) et à tous ceux qui partagent leur avis sur la formation 🙂
    Ce master fut une chance de découvrir un domaine en plein essort, très diversifié et une ville où il fait bon vivre (sauf quand les trams sont en grêves/panne, évidemment).

  8. Bonsoir tout le monde

    Je suis ingénieur en informatique et je suis vivement intéressée par la bio-informatique.
    est ce que je peux postuler a ce master? de l’université de bordeaux?

    Merci 🙂

    • Hello,

      bien sûr que tu peux postuler pour ce master, pour cela je t'invite à prendre contact avec les responsables du master: ils sont listés sur cette page dans la rubrique "Contacts".

      Bonne continuation.

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