Bioinformatique :
Exclusif : Bioinfo-fr au Congrès sur le microbiome humain #IHMC2012

Le Congrès international sur le microbiome humain 2012 (International Human Microbiome Congress 2012) a commencé hier, le 19 mars 2012, au Palais Brongniart à Paris. Bioinfo-fr était présent, évidemment 😉 Voici une petite mise en bouche.

Qu'est-ce que le microbiome humain ?

Il s'agit de l'ensemble de la flore bactérienne du corps humain. Lorsque l'on parle du microbiome intestinal, on fait donc référence à la flore bactérienne du système digestif, encore appelée flore intestinale. Vous pouvez tranquillement lire l'article Wikipédia sur le sujet, il est assez bien écrit et documenté.

Pour un rappel de ce qu'est la métagénomique, je vous recommande l'excellent billet de Nico, publié plus tôt ce mois-ci.

Qu'est-ce que MetaHIT ?

MetaHIT est le sigle de Metagenomics of the Human Intestinal Tract. Il s'agit d'un consortium européen (financé par la Commission Européenne et son programme FP7) regroupant 13 équipes de recherche. Le but de cette aventure scientifique est clairement de travailler pour améliorer la santé humaine. Ainsi, l'objectif est d'établir des liens entre gènes bactériens et désordres chez l'humain tels que l'obésité et les maladies intestinales inflammatoires.

Pour atteindre cet objectif, MetaHIT a d'abord établi un catalogue de référence des gènes du microbiome intestinal humain. En parallèle, un nombre certain d'outils bioinformatiques ont été créés pour pouvoir analyser et gérer les énormes jeux de données. Une suite logique du catalogue était de savoir quels gènes bactériens sont présent chez quels individus de la population humaine. Ainsi, autant des puces à ADN spécifiques que des approches de séquençage à haut débit ont été développées et utilisées pour analyser plus de 500 individus.

Beaucoup de choses ont été accomplies par le consortium, mais je m'arrêterai ici dans ce catalogue à la Prévert pour vous inviter à faire un tour sur leur site et lire 🙂

Le Congrès, donc

Le programme avait l'air alléchant et jusque là, je n'ai pas été déçue. Je vous en parlerai plus en détails dans des billets à venir (bientôt !) sur des sujets choisis parmi l'effervescence de thématiques présentes. Aussi, il faut l'avouer, passer 3 jours au Palais Brongniart contribue grandement au sentiment de bien-être 🙂

Selon les organisateurs, 650 personnes se sont inscrites et -- si j'ai correctement compté -- 168 posters occupent les panneaux dans les espaces dédiés. Je trouve cette idée excellente : il n'y a pas des tonnes de posters, ils restent pour toute la durée de la conférence et les gens pointent vers des projets additionnels lors de leurs présentations orales. On a donc le temps de faire le tour et de discuter avec les personnes.

Les 3 jours sont organisés en sessions thématiques. Ainsi, le premier jour était consacré à l'introduction à la thématique : quelles leçons a-t-on appris après 5 ans d'études approfondies et à grande échelle du microbiome intestinal humain ? De plus, nous avons vu une multitude de présentations très intéressantes sur les approches analytiques employées dans le domaine de la métagénomique et sur les façons d'organiser et d'interpréter les données. Cette première journée est très intéressante pour nous en tant que bioinformaticiens, donc j'y reviendrai très bientôt.

Aujourd'hui (le 20 mars), les thématiques sont celles du microbiome -- sa composition et sa variation -- chez des individus en bonne santé et aussi chez ceux souffrant de maladies diverses. Le dernier jour (le 21 mars) abordera des thématiques telles que la modulation du microbiome (c.-à-d., effets de la nutrition et des médicaments) et enfin, les possibles fonctions de ces communautés microbiennes.

La pause café commence maintenant mais davantage de billets sont dans les tubes : suivez le tag #IHMC2012 🙂

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