J'ai lu :
J’ai lu : Bioinformatique – Génomique et post-génomique

Suite à l'article de Guillaume, voici le deuxième article de la rubrique J’ai lu, portant sur le livre « Bioinformatique – Génomique et post-génomique ».

Bioinformatique – Génomique et post-génomique

Ouvrage de Frédéric Dardel et François Képès, professeurs à l'École polytechnique, publié en 2002 aux Éditions École polytechnique. Une partie de l’œuvre est disponible sur google docs.

Bioinformatique Génomique et post-génomique

© Éditions École Polytechnique, 2002, tous droits réservés

 

Sujet

Cet ouvrage est un document d'initiation à l'étude bioinformatique des acides nucléiques et des protéines.

Résumé

Ce livre couvre un large panel de la bioinformatique : au fil des chapitres, le lecteur suivra la création et le développement de la bioinformatique. Dans la première moitié, les sujets abordés traitent de séquençage, d'alignement de séquences, de génomique et de recherche de motifs. Cette partie est quasiment intégralement visible sur book.google.

La seconde partie, non consultable en ligne, montre des automates de recherche de motifs (pseudo-code et déroulement d'algorithmes avec exemples), des statistiques sur les séquences, de la modélisation de structure (ARN et protéines) et des réseaux.

Public visé

«Son objectif est de donner les clés nécessaires aussi bien aux biologistes qu'aux informaticiens pour aborder ce nouveau domaine à l'interface de leur deux disciplines. Conçu initialement comme support d'un cours de bioinformatique dans le cadre de la Majeure de Chimie du Vivant à l’École polytechnique, ce livre s'adresse à tous ceux, chercheurs, biotechnologues, et étudiants de second et troisième cycle, venus d'horizons scientifiques divers, qui désirent s'appuyer sur un ouvrage bref et généraliste. » © Éditions École Polytechnique.

Un "pur" informaticien souhaitant s'immerger dans le domaine sera probablement submergé par la masse d'information, à l'inverse, un biologiste pourrait être dérouté par les notations mathématiques et les quelques passages de pseudo-code.

Revue

Curieusement, ce livre de 246 pages seulement -dont 5 de bibliographie- se lit assez facilement, les textes sont clairs et très concis. L'absence de glossaire se fait ressentir dès le début, mais les champs de connaissances sont larges et vus en détails ; mieux vaut garder quelques pages Wikipédia ouvertes.

Malheureusement, l'ouvrage pèche au niveau des figures : plusieurs sont de mauvaise qualité! Outre la pixellisation et la police d'écriture non homogène (exemples pages 17 et 18), il y a parfois des figures dont les titres sont incomplets ("lectophorse" au lieu d'électrophorèse) voire carrément manquants.

Les explications concernant les algorithmes (alignement) et les équations (Michaelis-Menten par exemple) sont vraiment très claires et bien expliquées, je regrette de n'avoir pas eu pareil ouvrage plus tôt !

Ce livre datant de 2002, il n'y a bien évidemment pas de révélations sur les NGS, les futures générations, les logiciels et les formats de fichiers sortis depuis. Pour se mettre à la page, mieux vaut suivre des forums de discussion comme seqanswers.com, biostars.org...

Conclusion

Ce livre est à fortement recommander aux débutants, en parallèle des cours, ainsi qu'aux plus expérimentés, toutefois avec des pré-requis de biologie (génétique, biochimie, biologie moléculaire).

De part sa concision, je déconseille de le lire d'une traite, tant il est riche en information (il m'a fallut m'y mettre à 4 reprises).

Un livre qui doit peupler toutes les bonnes bibliothèques de France et de Navarre!

Disponibilité

L’ouvrage est disponible auprès des Éditions École polytechnique pour 29,50 €.

Libre accès sur les google books.

Autres  disponibilités.

 

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