Bioinformatique :
Présentation de l'IUT Génie Biologique option Bioinformatique d'Aurillac

Voici pour cette nouvelle semaine le deuxième article sur les formations de bioinformatique en France. Je vais vous présenter l'IUT Génie Biologique option Bioinformatique d'Aurillac, rattaché à l'université d’Auvergne. Cette formation en deux ans est, à ma connaissance, la seule qui permet de commencer la bioinformatique à la sortie du lycée. Les étudiants viennent majoritairement de terminale S (aucun prérequis en informatique n'est demandé) et la sélection se fait sur dossier. Le nombre de places étant réduit (~50), il existe une certaine compétition pour y entrer.

Objectifs

Le DUT (Diplôme Universitaire de Technologie) se prépare en deux ans et doit permettre aux étudiants de choisir entre la poursuite d'étude ou l'entrée dans le monde du travail.
L'enseignement de la biologie (biologie moléculaire, microbiologie, enzymologie...) et des connaissances générales (chimie, mathématique...) est assuré dans le cadre des cours communs aux trois options (Agronomie, Bioinformatique et Environnement). L'IUT étant destiné à former des techniciens, les cours magistraux sont accompagnés de nombreuses heures de travaux pratiques en laboratoire (culture de cellules, électrophorèses...). En deuxième année des cours spécifiques à la bioinformatique sont ajoutés comme la protéomique ou la transcriptomique.
L'informatique est, elle, réservée à l'option bioinformatique. L'algorithmique est enseignée en première année avec comme support le langage C, puis avec Java en deuxième année, pour aborder les structures plus complexes comme les objets.
Aux cours de biologie et d'informatique viennent s'ajouter les cours de bioinformatique, comme la création et l'utilisation de bases de données biologiques, le data mining ou l'utilisation de perl et awk pour l'extraction de données contenues dans des fichiers texte (ex. fasta).

Avertissement

La formations est très complète, complexe et demande beaucoup de travail. En effet habituellement, une formation de biologie après le lycée, en plus des enseignement généraux, c'est le moment où on apprend à appréhender les problèmes biologiques et à les résoudre. Par la suite, un étudiant de biologie qui commence sa formation de bioinformaticien en master a normalement déjà acquis cette façon de penser et va en découvrir une autre avec l'informatique. Ici l'étudiant fraîchement sorti du lycée apprend deux façons de penser en même temps. Je crois que c'est à la fois l'atout et la difficulté majeure de cette formation et que cela explique pourquoi certain, après l'IUT, décident de retourner vers la biologie pure.

Stages et débouchés

La moitié du quatrième semestre est consacrée à un stage obligatoire de trois mois. La recherche de stage est encadrée et facilitée par les contacts que l'IUT garde avec les entreprises/laboratoires ayant déjà reçu un étudiant. Il est aussi possible de faire un stage, un peu plus long, à l'étranger. Personnellement je suis allé aux Pays-bas, dans l'université de Wageningen, mais d'autres sont allés aux États-Unis par exemple.
Pour les poursuites d'études, comme je l'ai déjà dit certains retournent vers la biologie pure et donc rejoignent une licence de biologie. D'autres, au contraire, ont été séduit par l'informatique et ont fait une école d'ingénieur en informatique. Enfin, bien sûr, la plupart s'engagent dans une poursuite d'étude de bioinformatique (Master, Ecole d'ingénieur).  Les possibilités sont variées et je n'ai malheureusement pas assez de contacts pour vous donner une image complète. J'invite donc les personnes qui on fait le DUT et qui lisent cet article à poster leur parcours en commentaire ou à m'envoyer un mail, si j'ai assez de réponses je ferai une mise à jour de l'article.
Il est en tout cas possible d'intégrer une licence de biologie en troisième année, à la sortie de l'IUT.

La vie à Aurillac

Aurillac est une petite ville perdue dans le Massif central, il n'y a pas de rue commerçante et de grandes enseignes vendant de la culture sous toutes ses formes. Par contre le cadre est exceptionnel et l'ambiance entre les trois options plutôt bonne. L'association étudiante (la BURE) est active et organise plusieurs grosses fêtes par an. Il y a moyen de passer de très bonnes années, même si pour ceux qui viennent de grandes villes, le dépaysement doit être assez important (Ceci est un avis très personnel, une fois de plus, à vos claviers si vous pensez différemment).
Pour ce loger les étudiants qui le veulent ont accès à une résidence universitaire située à deux minutes à pied de l'université. Les chambres sont bien aménagées, il y une salle informatique avec accès à Internet, une laverie et une petite salle de sport équipée pour les plus courageux.

Conclusion

L'enseignement reçu à l'IUT suffit largement à former un bioinformaticien. L'informatique y est aussi poussée qu'en master de bioinformatique, voir plus et les connaissances reçues en biologie sont équivalentes à celles d'un étudiant de licence deux. Bien sûr la plupart des étudiants poursuivent quand même leurs études pour obtenir une licence puis un master. La difficulté principale vient, comme je l'ai dit, du fait de commencer ses études en étant confronter à deux matières assez distinctes, mais au final la formation n'est probablement pas plus dure qu'une autre.

Pour en savoir plus :

Je vous invite à consulter le site web de l'IUT et sa plaquette et à contacter le chef de département.

Site et plaquette :
Page web de l'IUT
Plaquette de la formation

Contacts :

Chef de département :
Guy Febvre : febvre[AT]opgc.univ-bpclermont[DOT]fr

Autres responsables :
Kate James : kate.james[AT]iut.u-clermont1[DOT]fr
Sébastien Rimour : sebastien.rimour[AT]iut.u-clermont1[DOT]fr
Valérie Polonais : valerie.polonais[AT]iut.u-clermont1[DOT]fr

 Remerciements à Mr Lavest, directeur de l'IUT, pour son autorisation d'utilisation du logo de l'université. 

  • À propos de

20 commentaires sur “Présentation de l'IUT Génie Biologique option Bioinformatique d'Aurillac

  1. Bonjour,

    J'ai fait le DUT de Bio-informatique à Aurillac de 2007 à 2009, je confirme qu'il y a pas mal de boulot mais la formation est très complète. Je suis allée en Licence Pro BAE (Biologie Analytique et Expérimentale) à Montpellier après le DUT et je l'ai eu facile car c'était que des révisions. Je suis maintenant en Master pro et recherche de bio-informatique à Rouen, il se déroule en alternance et dure 3ans. Grâce au DUT et ma pratique personnelle en informatique, je suis plutôt en avance sur ceux de ma classe.

    Je voulais dire également que Aurillac est la ville contenant le plus bar au mettre carré en France et que l'ambiance est très bonne à l'IUT et les personnes d'Aurillac très sympathique.

    Pour plus de détail sur mon parcours, vous pouvez me contacter par mail.

    Alan Lahure

  2. Merci Alan, j'espère que ton commentaire va encourager d'autres anciens du DUT à poster leur parcours et d'autres à tenter l'aventure du DUT.

    Comme je ne l'ai pas mis dans l'article voici mon parcours.

    Après l'IUT, j'ai fait une L3 de biologie (biologie cellulaire et physiologie) à Bordeaux. Comme je l'ai dit dans l'article je n'ai pas eu l'impression d'avoir moins de connaissance en biologie que les étudiants de L2. En plus j'avais une très large avance en terme de pratique en laboratoire.
    Je suis finalement retourné vers la bioinfo en Master. J'avais choisi Bordeaux entre autre parce que je savais qu'il serait plus facile d'entrer dans leur master si j'avais fait ma licence sur place.

    J'ai fait mon stage de master à l'EMB Heidelberg et grace aux contacts que je me suis fait là-bas j'ai trouvé le poste que j'occupe aujourd'hui. Je travaille à l'université de Genève depuis un an et demi avec un contrat d'un an renouvellable 3 fois.

    • J'ai également fait un stage à EMBL d'Heidelberg, tu étais dans quel équipe? Moi je faisais partie de l'équipe de Toby Gibson et en ce moment je suis en alternance à l'IGBMC à Strasbourg sous la direction de Julie Thompson. J'avais déjà fait un stage sous sa direction en 2010.

      Bonne journée

      • J'ai fait mon stage entre deux groupes du département de génétique: Eileen Furlong et Lars Steinmetz. Mais j'ai surtout été encadré par Nicolas Delhomme mon maitre de stage. C'est vraiment un super endroit pour faire un stage de fin de master et je pense que beaucoup de groupes cherchent des bioinformaticiens. Il peut même y avoir un poste à la clé pour certain.

        Bonne journée.

  3. Bonjour!

    Sorti de l'iut en 2005 (rentré en 2002, 1 ere année en redoublement), j'ai continué par une L2(l'année d'avant , une amie qui sortait de l'iut avait été prise en 3eme année, puis avait abandonné en cours, donc ils n'ont voulu prendre aucun risque) puis L3 de biologie cellulaire à Luminy (Marseille).

    2 années a donc ne faire pas grand chose, puisque 80% du programme avait été déja vu.
    Puis Master de biologie des populations (insectes) à l'université de Tours, que j'ai arreté aprés avoir eu la premiere année. J'ai enchainé directement pour un Master 2 en informatique.

    Donc aujourd'hui, je suis ingé informaticien, dans la finance.

    Tous les chemins menent à Rome!

    En 2eme année d'iut, j'étais parti en stage à Salford, prés de Manchester, où il y avait un joli regroupement d'ancien de l'iut.

    Aprés avoir testé quelques villes, je garde vraiment un souvenir mémorable de ces années à Aurillac, et cela reste pour moi un des meilleurs endroit pour étudier!

    Cotes de Rennes, Les cretes..... les marches a monter tous les jours aprés les soirées interminables.

    Aprés, comme cela est expliqué dans l'article, il faut bosser! Et pas qu'un peu.
    Quand tu sors du lycée, et que tu arrives avec des semaines de plus de 50h (à l'époque, il y avait de gros soucis avec l'emploi du temps, je ne sais pas si cela c'est résolu), finir a 20h30 (puis faire le rapport du tp pour le lendemain), cela fait bizarre.
    Il faut s'accrocher, prendre le rythme, et le reste ira tout seul.

  4. Egalement de la promo Bioinfo 2009 je suis comme beaucoup de monde partie à Poitiers pour la licence générale de Bio-Informatique et la master professionnel "Génie Physiologique et Informatique" ou plus simplement GPhy. D'ailleurs à ce propos, petite mise en garde pour les futurs arrivants à Poitiers : "Si vous venez à Poitiers pour faire de la bio ou de la bio-info comme on l'attend à Aurillac (modélisation moléculaire, blast, etc) FUYEZ PAUVRES FOUS !" Plus sérieusement la formation GPhy de Poitiers est beaucoup plus centrée à former des développeurs informatiques dans le millieu biologique (et encore...) et des chefs de projets.

    Sinon ba je continue de penser que la qualité des enseignements reçus à l'IUT d'Aurillac est égale voir bien supérieure à celle reçu à Poitiers. C'est valable pour les matières -iques (génie génétique, génomique, TP etc) comme pour pas mal de matières informatiques (C, php/html, base de données). D'ailleurs concernant les bases de données, les élèves venant d'Aurillac sont dispensés de ce cours, la formation de Poitiers avouant que le niveau enseigné est moins élevé que ce que l'on a appris à Aurillac... \o/

    Petit bémol cependant pour Aurillac (oui il en faut bien au moins un ^^) : les enseignements en Java et en traitement de l'image. Mais bon depuis 2009 ça a peut-être changé ?

    Je terminerais en disant que mes 2 années d'IUT à Aurillac ont été excellentes, que je ne regrette pas du tout d'avoir choisi la meilleure option des 3 (;-)) et que Aurillac ba c'est trop bien et que les Crêtes ba c'est trop cool !

    ++ !

  5. Bonjour,

    J'ai également fait ce DUT en 2002-2004. C'est vrai que les journées étaient chargées (Je me souviens de nos mardi avec des cours de 8h30 à 19h30 avec une pause de 30 min le midi).
    J'en garde d'excellents souvenirs aussi bien sur les cours, que la vie étudiante et la vie à aurillac.
    Après le DUT, j'ai fait la licence IUP à Evry (je n'ai pas été prise à l'école d'ingé de luminy) puis le master bioinfo de Nantes.
    Aurillac reste pour moi la meilleure formation en bioinfo que j'ai eu de tout mon parcours.

    Maintenant j'occupe un poste d'IE en bioinformatique.

  6. Bonjour,

    J'ai fait cette formation également en 2002-2004 (moi aussi Elodie je ne les ai pas oublié ces mardi ...). Je suis très contente d'avoir fait ce choix, la formation est vraiment d'un très bon niveau, que ce soit en biologie, en informatique et bien sur en bioinformatique.
    Effectivement, il ne faut pas compter ces heures, surtout quand comme moi on fait l'acquisition de son premier ordinateur à la rentrée (donc, les novices en informatique, n'ayez surtout pas peur, on repart vraiment des bases.).
    J'ai choisi de poursuivre ensuite en licence puis Master bioinformatique à paris 7 Denis diderot. L'année de licence était vraiment une formalité, la plupart des choses ayant été faites lors du DUT, ca m'a permis de pouvoir enfin être un peu à la cool, et de me dire que les 2 premières années étaient enfin compensées. Le Master était ensuite d'un très bon niveau, avec surtout en 2ème année beaucoup de projet permettant de vraiment pouvoir identifier les domaines de la bioinformatique que l'on préfère.
    J'ai achevé enfin ce parcours par une thèse en génomique/bioinfo, que j'ai effectuée à Nantes (peut être un peu atypique la thèse après un DUT, mais ca se fait vraiment sans problème, donc il ne faut pas que cela soit un frein pour ceux qui envisagent de longues études).

    Voila, en ce qui concerne Aurillac, personnellement j'ai beaucoup apprécié cette ville, et le Lioran n'est pas loin 🙂

  7. Je suis actuellement, en deuxième année du DUT d'Aurillac, je répète des propos présent plus haut mais c'est vraiment une très bonne formation.

    Tant au niveaux biologie que informatique, mais par contre y faut bien comprendre qu'il y a quand même pas mal de programmation (y faut aime) . Même si il manque quelle que truc comme a la gestion de projet, l'utilisation d’outils d'aide a la programmation (chaîne de compilation, gestionnaire de version).

    L'emploie du temps c'est bien amélioré, même si il a encore quel que problème en fin d'années, les intervenants extérieur sont difficile a placé dans l'emploie du temps.
    Je le recommande vraiment a tous ce qui veulent faire de la biologie et de l'informatique(programmation dédier a la biologie).

  8. Bonjour ! je suis actuellement en TS et on viens de recevoir les resultats sur APB ! on m'as accepter en DUT bio Informatique mais j'ai encore le choix entre Bio Informatique et Analyse biologique et biochimique ! J'ai envi de prendre le DUT bio informatique mais je suis plus passionner pas la biologie et moins par l'informatique ! Aussi je connais pas Aurillac, je connais personne labas et j'ai pas encore trouver de logement... :$

    • Salut Ibtee.
      D'abord félicitations pour tes résultats.
      Ensuite nous ne pouvons pas faire le choix final a ta place mais nous pouvons tout de même essayer de te conseiller.
      Pour ma part j'ai fait une licence de Biologie des Organismes à Bordeaux pour ensuite enchainer sur un Master de Bioinformatique (à Bordeaux toujours).
      J'ai eu des camarades venant de la formation d'Aurillac qui est très bonne et qui est un plus pour le Master. Mais si tu n'es pas sur et que tu veux d'abord voir ce que donne la Biologie pure et la Biochimie, tu peux très bien faire ce choix et au pire revenir vers la bioinfo un peu plus tard comme je l'ai fais par exemple.
      Voila, en esperant t'avoir un peu aidé, n'hésites pas à nous informer sur ton choix 🙂 Ou a nous poser d'autres questions ici ou sur le canal IRC.

    • N'est pas peur pour le logement a Aurillac on trouve vite et pas trop chère, y a un organisme HLM (polygon) qui fait des logement pour étudiants (dont 1 a 200 m de l'IUT "Les crétes").

      Et sur le faites que tu connaisse personne ne t'en faits pas sa vas vite a Aurillac surtout en Bio-Info on tous un peu expatrie.

  9. Bonjour à tous, actuellement en 2ème année de BioInfo à AURILLAC, le moment fatidique du stage de fin d'année approche à grand pas. La recherche de stage est assez complexe car je recherche un lien entre la neurologie et la bioinformatique. Je cherche donc des entreprises qui pourraient m'accueillir afin de développer des programmes utile au fonctionnement du cerveau. Si vous avez entendu parler d'un stage dans cette branche quel que soit le pays je suit preneur :).
    En ce qui concerne l'IUT la BURE se porte bien, les soirées au Celtic marche bien. Une soirée unique à déjà eu lieu grâce à la FEBA, Comm n co... avant les vacances.
    Les horaires des cours se sont bien améliorer. Le chef de département à changer mais le froid d'AURILLAC est toujours présent. Les premières pistes de ski ne sont qu'à 1h de route.
    L'option bioinformatique est en or et je n'ai pas l'impression de travailler outre mesure pour ma part.
    L'entente entre les trois option (environnement, agronomie et bioinformatique) est très bonne, les groupes d'amis se font rarement entre les personnes d'une même option, l'ambiance est donc très agréable.

    • Salut Bastien et merci pour ton commentaire.

      Je peux te conseiller de t'orienter vers le laboratoire d'André Garenne à Bordeaux 2. Il est féru de bioinformatique et enseigne justement les neurosciences aux étudiants. Voici le lien pour le contacter : http://www.inb.u-bordeaux2.fr/dev/FR/chercheur.php?chercheur=Andr%E9%20Garenne&id=338

      Bon courage pour ta recherche et pour la continuation de tes études.

      • Merci beaucoup d'avoir répondu si vite Yohann, je vais faire des recherches sur ce site
        Bonne continuation

  10. Bonjour,

    Je souhaite faire des études en bio-informatique mais je ne sais pas encore dans quel établissement j'irai bien que je penche vers Aurillac dont tout le monde à l'air de dire que c'est un bon établissement. Je suis en première lycée général section S-SI et je me demande si un redoublement pour repartir en SVT ne me serait pas plus profitable que de rester en SI(aussi bien pour l'admission à Aurillac que pour avoir des bases). Je vous demande donc est ce que avoir fait SVT ou en tout cas avoir des bases en SVT serait une plus??? Et si oui, est ce nécessaire??

    Merci d'avance pour vos réponses.

    • Salut,

      Je t'avoue que je ne suis pas sur de ce que tu as étudié en SI. Pour savoir si l'IUT recrute des gens avec cette option, le mieux est de les contacter directement.

      A première vu, je dirais que ce n'est pas essentiel d'avoir fait le BAC SVT, mais si tu n'as aucune expérience, ni en programmation, ni en SVT, ça va faire beaucoup à découvrir d'un coup. 🙂

      Mais il s'agit d'une formation qui commence juste après le BAC, donc selon moi, n'importe qui devrait pouvoir y rentrer (même avec un BAC L), seulement ça sera un peu plus dur pour certain.

      Donc mon conseil, envoie un mail à l'IUT, si ils recrutent aussi en SI, ne recommence pas une première en SVT. Prépare toi simplement à travailler un peu plus que les autres. Et encore, si tu es doué, ça sera finger in the nose.

      • Ok merci pour ta réponse 🙂
        Je l'ai est appelés et ils ne savaient pas trop vu qu'il y as pas encore eu de série SI qui sont sortit (première promo sort cette année). Mais je préfère mettre toute les chance de mon coté et redoubler en SVT.
        Je verrai ce que ça donne mais je pense que c'est le bon choix.
        Encore merci pour ton conseil et bonne continuation!

  11. Bonjour,
    Je suis pris à l'IUT d'Aurillac, j'y ferais donc ma rentrée en septembre, après une année de médecine à Tours (37), je prends la route de l'IUT, je suis impatient, j'ai déjà trouver mon logement pas très loin, j'évite les escaliers, ce qui m'aurait permis pourtant un bon échauffement pour attaquer en forme les cours du matin D)

    • Eh bah bienvenue dans la communauté BioInfo. Tu devrais te plaire à Aurillac, j'y ai passé 2 ans de folles soirées ! Par contre j'avais un appart en centre ville sinon c'était chiant pour sortir. Méfie toi quand même du froid !

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