Bioinformatique :
JOBIM 2012 : interview exclusive des organisateurs

Tous les ans, les bioinformaticiens francophones de tout horizons sont conviés à JOBIM (Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques). Nous avons profité de la proximité des deux principaux organisateurs de l'évènement de cette année pour aller les rencontrer et leur poser quelques questions…

 

 

 

 

 

 

 

 

Sylvain P. : "Bonjour Pierre Peterlongo et Claire Lemaitre, vous organisez cette année les Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, avant de commencer pourriez-vous vous présenter s'il vous plait?"

Claire Lemaitre : Je suis Chargée de Recherche à l'INRIA depuis un an, en bioinformatique. Mes thématiques de recherche sont la génomique comparée, la comparaison de séquences, de génomes complets, les méthodes pour analyser les données de type NGS (Next-Generation Sequencing pour Séquençage de nouvelle génération, NDLR). Je m’intéresse aussi bien au développement de méthode qu'à l'utilisation de ces méthodes pour obtenir des résultats biologiques.

Pierre Peterlongo : Je suis aussi Chargé de Recherche INRIA depuis 3 ans. Ma formation est plus orientée algorithmique du texte et structure de données, donc très proche de l'informatique. J'ai fait une thèse en bioinfo mais qui était très théorique. Mais depuis que je suis ici (INRIA de Rennes, NDLR) je suis beaucoup plus proche des biologistes et je fais des choses qui me semblent beaucoup moins théoriques, plus appliquées. De plus, l'arrivée des NGS a complètement reboosté toutes les recherches sur les structures de données associées aux problématiques d'algorithmique du texte.

Nico M. : "Qu'est ce que JOBIM exactement ?"

P.P. : La première édition était en 2000 à Montpellier, cet été sera la 13ième édition. C'est Marie-France Sagot (Directeur de Recherches à l'INRIA, Lyon, NDLR) et Olivier Gascuel (Directeur de Recherches CNRS au LIRMM, Montpellier, NDLR), qui étaient entre autre à l'initiative de JOBIM. L'idée était de regrouper la communauté bioinfo francophone.

C.L. : À l'époque, en 2000, la communauté devait être beaucoup moins structurée qu'aujourd'hui, c'était relativement nouveau comme domaine. D'où l'idée de faire des "Journées Ouvertes" en biologie, informatique et mathématique, pour qu'il y ait des acteurs des trois disciplines qui se rencontrent.

P.P. : Oui, l'idée, c'est plus que les gens se rencontrent et discutent. Même si on est plus structuré au niveau de JOBIM qu'au début, on essaie de garder cet esprit, les pauses sont très longues, il y a l'évènement social, le but c'est que les gens discutent.

 

S.P. : "Comment est structuré JOBIM cette année ?"

C.L. : Cette année, il y a 7 conférenciers invités, pour des conférences plénières d'une heure. Entre ces conférences, il y a des présentations orales sur les résumés qui auront été acceptés par le comité de programme. Ces présentations durent 20 minutes et peuvent se dérouler aussi bien en plénières qu'en sessions parallèles. C'est la deuxième année où il y a des sessions parallèles, les années précédentes il y avait des "workshops" satellites qui se déroulaient avant ou après JOBIM. Il a été décidé l'année dernière de ne plus faire de satellites mais de faire des sessions parallèles, pour que tout le monde se retrouve à JOBIM. Les sessions parallèles seront déterminées en fonction des soumissions.

P.P. : Les sessions parallèles sont organisées par thèmes. Et il y a aussi beaucoup de posters, l'an dernier il y en avait une centaine.

C.L. : Cette année, il y aura aussi une ou plusieurs sessions industrielles avec des présentations à visée commerciales et des démos.

 

N.M. : "En tant que doctorant, peut-on soumettre ?"

C.L. : Dans l'appel à communication, il est marqué clairement qu'on favorise les travaux de doctorants et de post-doctorants.

S.P. : "Pourquoi avez-vous choisi d'organiser JOBIM cette année ?"

C.L. : C'est un peu cyclique, ça fait le tour des villes où il y a de la bioinfo en France. Il y a un appel à la fin de chaque JOBIM pour l'année n+2.

P.P. : Moi j'étais motivé car mon premier JOBIM, c'était en 2002 à Rennes et Saint-Malo, du coup je me suis dit que ça serait sympa d'organiser le 2012 ici aussi. Bon, c'est pas la seule raison hein !

C.L. : Je pense aussi que c'est bien pour un labo d'organiser une conférence comme ça, ça lui donne de la visibilité.

P.P. : Je pense que c'est bien pour nous aussi, on se fait connaitre.

 

N.M. : "Comment se passe l'organisation ? Est-ce que c'est une grosse tâche ?"

P.P. : Oui c'est assez important oui, c'est une bonne grosse tâche. Ici on a la chance d'avoir une cellule d'organisation de colloque avec une personne qui travaille avec nous, Elisabeth Lebret. Elle s'occupe de tout ce qui est financier, elle a beaucoup de contact pour les salles, pour l'organisation des évènements sociaux, etc. Par contre, c'est nous qui connaissons les grosses boites de bioinfo, les gros labos, qui faisons une grosse partie des demandes de subventions. Il y a aussi l'aspect "comm", faire les affiches, les cartes, même si on est bien aidés par le service "comm" de INRIA. Il y a également Marie-Noëlle Georgeault qui s'occupe entre autre du site web. Mine de rien, on est sollicité quasi-quotidiennement en ce moment, pour les subventions, gérer les bus, réserver les repas, les amphis, etc. Par contre, on ne s'occupe pas trop du côté scientifique, c'est François Coste et Denis Tagu qui sont les présidents du comité de programme cette année.

C.L. : Oui, c'est eux qui ont écrit l'appel à communication, c'est eux qui vont faire le programme, qui ont choisi les conférenciers invités, ils ont constitué le comité de programme, ils vont distribuer les résumés aux "reviewers"…

P.P. : Après, leur gros boulot sera de récupérer tous les avis des "reviewers", de faire la sélection de qui on prend et dans quelle section, d'organiser les sessions parallèles. Eux, ils vont avoir un énorme pic de boulot à ce moment là, nous c'est peut-être plus diffus sur l'année.

 

N.M. : "Au niveau de l'aspect financier, combien ça coûte, qui finance ?"

P.P. : On est en gros à 120 000€ de budget, avec environ 50 000€ de subvention. Le reste sera pris sur les inscriptions. Les salles sont prêtées par l'Université de Rennes 1.

C.L. : Nous on paie les voyages et séjours des conférenciers invités, le gala, les repas, les frais de publications, les affiches, les goodies… Au niveau des subventions, on a fait environ 70 demandes pour… peu de réponses positives ! Ceux qui donnent le plus sont les marchands de matériel informatique, pas les bio-technologies !

P.P. : Oui, je pense qu'ils ont un coup à jouer en ce moment, notamment au niveau des NGS. Alors que ceux qui vendent du matériel de séquençage ont déjà convaincu tout le monde dans ce genre de conférence.

S.P. : "Vous avez un lien avec la SFBI ?" (Société Française de BioInformatique, http://www.sfbi.fr/ NDLR)

C.L. : Oui, JOBIM est organisé "sous l'égide de la SFBI". On a une convention avec la SFBI, car avec les inscriptions à JOBIM, il peut y avoir une adhésion à la SFBI couplée. Du coup, la SFBI nous donne 5000€, mais nous les lui reverserons par le biais des adhésions. De plus, si la conférence fait des bénéfices, on va reverser 50% de ces bénéfices à la SFBI qui les reversera pour le JOBIM de l'année prochaine.

P.P. : On est aussi bien aidé par le GdR BIM (Groupement de Recherche Bioinformatique Moléculaire NDLR), le CNRS nous donne 10 000€. Et ReNaBi (Réseau National des plates-formes Bioinformatiques NDLR) nous verse aussi 10 000€.

 

N.M. : "Comment fonctionne le comité scientifique avec François Coste et Denis Tagu ?"

P.P. : François à mis en place le site web EasyChair pour les soumissions avec des thématiques etc. Toutes les soumissions vont être faites sur EasyChair et après ils vont distribuer aux "reviewers" les différents articles, puis faire la synthèse.

 

N.M. : "Combien de personnes attendez-vous environ ?"

P.P. : 300 à 400 personnes. À Paris en 2011 il y avait plus de 400 personnes, donc on aura certainement moins de personnes cette année, Paris c'est plus central, c'est plus facile.

C.L. : Par contre cette année on a fait beaucoup de "comm", on espère que ça va marcher.

P.P. : 327 personnes moi je dirais.

C.L. : moi je dis plus, 350. (rire)

 

S.P. : "Sinon, le travail c'est bien, mais il n'y a pas que ça non plus ! Il y a aussi les évènements sociaux ! Qu'avez-vous prévu ?"

C.L. : Oui, c'est indispensable 🙂

P.P. : On va être reçu à la mairie de Rennes pour un cocktail et un élu qui fera un discours. Et le "vrai" évènement social ce sera le repas de gala à Saint-Malo !

C.L. : Et avec un petit temps libre avant dans les remparts.

P.P. : Et peut-être d'autres surprises 😉

 

N.M. : "Finalement, les dates importantes ?"

P.P. : Alors une date importante c'est le 2 Juillet, c'est mon anniversaire ! Après, bon… Il y a JOBIM après, du 3 au 6 Juillet 2012 donc. La date limite de soumission est le 11 Mars ! (repoussée au 18 mars, NDLR)

N.M. & S.P. : "Ok, bon bah il faut qu'on se presse pour soumettre, alors! Merci à vous deux !"

Un grand merci à Claire Lemaitre et Pierre Peterlongo pour le temps qu'ils nous ont consacré afin de mener à bien cette interview ainsi que pour l'autorisation d'utiliser les images de JOBIM dans cet article !

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