Archives mensuelles: juin 2013

Entretien :
Questions à... Olivier Gascuel

A la veille des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique, Mathématiques (JOBIM), nous avons trouvé intéressant de revenir à la création de cette conférence. Pour cela, nous avons rencontré Olivier Gascuel, directeur de recherches CNRS au Laboratoire d'Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM), médaille d'argent du CNRS en 2009, qui nous emmène avec lui quelques années en arrière...

Editorial :
JOBIM2013, nous voilà !

L'été est enfin là (si si...) et comme chaque année les JOBIM reviennent !
Cette année cela se passera à Toulouse du 1er au 4 juillet, et nous y serons. Nous aurons même l'honneur de vous présenter le blog pendant quelques minutes dès le premier jour aux alentours de 16h30. Nous essayerons de live tweeter la conférence pour les absents et tenterons de vous faire, comme l'année dernière, un gros résumé de cette semaine autour de la bioinformatique...

Astuce :
Fusionner des fichiers entre eux : la commande join

Langage : shell
Commande présentée : join
Niveau : débutant
Présentation de la commande join
La commande join est disponible nativement sur les systèmes d'exploitation GNU/Linux. Il s'agit d'une commande POSIX et elle est donc présente sur tous les systèmes d'exploitation UNIX et UNIX-Like. La plupart des gens utilisent cette commande pour récupérer les lignes communes entre deux fichiers mais elle ne se limite pas à ce seul cas...

Bioinformatique :
J'ai lu: Statistiques pour statophobes

Bonjour à tous. J'aimerais partager avec vous un ouvrage qui a changé ma vie professionnelle, à plusieurs niveaux. En lieu et place d'une introduction, je vous offre quelques morceaux choisis, avec lesquels mes talents de rédactrice ne peuvent pas espérer lutter.

Abstract:
"Une introduction au monde des tests statistiques à l'intention des étudiants qui n'y entravent que pouic et qui détestent les maths par-dessus le marché...

Découverte :
Jouez avec vos données : utilisez un ORM

Il y a quelques temps, je vous ai parlé de base de données, un super moyen pour structurer vos données.
Vous êtes maintenant j'en suis sûr, des professionnels du SELECT, des JOIN et autres ALTER. C'est bien, très bien même, mais maintenant je vais vous apprendre à vous en passer. Et oui, la ligne de commande c'est sympa pour des choses simples et/ou rapides, mais dès que vous voulez plus de complexité, il devient difficile de travailler sans un langage de plus haut niveau...