Archives mensuelles: mars 2013

Editorial :
Chasse aux oeufs...et aux articles !

Nous profitons de ce long week-end pour vous souhaiter de joyeuses fêtes de Pâques !

Nous travaillons d'arrache-pied à vous préparer un nouveau thème ainsi qu'une belle page de présentation de l'équipe.
En ce moment le travail étant assez intense pour la plupart d'entre nous, les articles paraissent plus lentement. Mais ne vous faites pas de soucis pour autant : nous sommes déterminés et la flamme est toujours là !
Si par ailleurs vous êtes passionné(e) par la bioinformatique, vous aimez ce qu'on fait et vous souhaitez faire découvrir vos connaissances à la Terre entière : n'hésitez plus et contactez nous ( contribuer@bioinfo-fr...

Opinion :
Comment organiser son travail ?

L'organisation du travail peut sembler facile, ce n'est pas toujours le cas, surtout lorsque l'on est impliqué dans 2 ou 3 projets à la fois. Comment se souvenir de ce que l'on a fait il y a un mois alors même que l'on ne sait plus ce que l'on a fait la veille ? Où sont mes documents dont j'ai besoin pour finir ce script ? Qu'est-ce que j'ai fait de ce foutu papier qui parle de la méthode que je dois appliquer ?
Qui d'entre nous ne s'est jamais retrouvé confronté à ce genre de casse-tête ? Très peu j'imagine...

Entretien :
Questions à... Ioannis Xenarios

Il s'agit de notre deuxième interview et après Jean-François Gibrat nous avons décidé d'aller nous promener un peu en Suisse. Nous y avons rencontré Ioannis Xenarios, directeur des groupes Vital-IT et Swiss-Prot du SIB: institut Suisse de Bioinformatique, mais aussi professeur à l'Université de Lausanne, et nous en avons profité pour lui poser quelques questions.

Astuce :
SQLite

Dans un précédent article, nous vous avons parlé des bases de données, leur importance et leur intérêt. Ici je vais vous parler de SQLite, une bibliothèque donnant accès à un moteur de base de données relationnelle qui vous permettra de travailler avec du SQL et cela sans avoir besoin de configurer ou d'installer quoi que ce soit: simple, rapide et efficace. Vous pouvez à loisir l'inclure dans tous vos projets, le code source de SQLite étant dans le domaine public...

Découverte :
Clusters et pipelines avec LSF

Aujourd'hui petit mash-up de deux articles précédemment publiés dans nos colonnes. Comme je l'avais promis, je vais vous présenter ma méthode pour faire du pipelining avec le gestionnaire de ressources de notre cluster. Si vous n'avez pas compris la phrase précédente, je vous invite à aller (re-)lire l'article sur les pipelines et celui sur les clusters, tout devrait être plus clair. Je vais présenter une idée simple : comment identifier chacune de vos commandes sur un cluster et utiliser cette identification pour les lier dans un pipeline...

Découverte :
Un tour d'horizon des bases de données consacrées au métabolisme

La toute première activité enzymatique a été découverte par Anselme Payen, un chimiste industriel français qui a piqué, grâce à son génie, la domination du marché de borax aux néerlandais. C'était une α-amylase, isolée à partir d'un extrait de malt, et capable de découper l'amidon en glucose. Nommée initialement diastase (synonyme d'"enzyme" à l'heure actuelle), c'était la première d'une longue série d'enzymes découvertes depuis et partageant le même suffixe : "ase"...