Archives mensuelles: novembre 2012

Editorial :
Edito : du neuf, du neuf et du neuf !

Vous êtes de plus en plus nombreux à nous suivre chaque jour (en moyenne 200 visiteurs par jour) et nous vous en remercions.
Lors de notre réunion de rentrée, nous avons décidé de faire de cette fin d'année une fin d'année mouvementée. Bientôt la fin du monde, on aurait tort de ne pas en profiter !
À partir d'aujourd'hui, et durant le mois de décembre plusieurs nouveautés vont apparaître :

De nouvelles rubriques toutes belles, toute fraiches : "Suivez l'guide" et "Questions à...

Suivez l'guide :
Cours de R pour débutant pressé, deuxième épisode

Voici donc la suite de mon premier cours de R pour débutants pressés où nous avions vu les bases. Je vous invite à le lire si vous ne l’avez pas déjà fait.
Aujourd’hui le but est de s’approcher de la biologie et de traiter d’un cas concret. Nous avons des données de différents éléments fonctionnels du génome de D. melanogaster et leurs proportions de conservation et de contrainte évolutive...

Conférence :
La nuit de l'info 2012

On vient de tomber sur cette information chez bioinfo-fr.net et on a décidé de la faire suivre au plus vite. Vous trouverez l'essentiel des renseignements sur le site officiel de la manifestation.

La nuit de l'info 2012 est lancée. Le principe ? Si vous êtes étudiant et que vous avez le sens du défi (ou que vous êtes insomniaque) il vous faudra constituer une équipe, lui donner un joli nom et l'inscrire sur l'un des 28 sites répertoriés (vous avez jusqu'au 30 novembre 23h59, déjà trop tard pour Toulouse et Strasbourg qui ont déjà clôturés les inscriptions)...

Astuce :
Chercher des motifs dans un fichier

Langage : shell
Commandes présentées : grep, split (succintement)
Niveau : débutant
Présentation de la commande grep
La commande grep est disponible nativement sur la plupart des systèmes d'exploitation GNU/Linux. La plupart des utilisateurs utilisent cette commande pour rechercher un mot ou un groupe de mots, que nous appellerons motif (pattern en anglais), dans un fichier texte. Cependant cette commande ne se limite pas à du simple cas par cas...

Découverte :
Mendeley: Une solution multi-plateforme pour organiser sa bibliographie

Je profite de l'élan initié par max dans son excellent article, "comment organiser sa veille en bioinformatique", pour vous parler un peu d'un logiciel que j'ai découvert récemment, et qui m'a été d'une aide considérable dans mon travail bibliographique.
Organiser et alimenter une veille efficace implique une recherche bibliographique régulière, donc lire, évaluer, garder ou mettre de côté des articles scientifiques...

J'ai lu :
J’ai lu : Quand la vie remplace le silicium

Auteurs
Dennis Shasha, professeur d'informatique au Courant institute, Université de New York et Cathy Lazere, écrivaine spécialisée en sciences et technologies.

Sujet
Cet ouvrage retrace le profil d’une quinzaine de scientifiques et s’intéresse aux problématiques et enjeux auxquels ils font face aux frontières de la bioinformatique

Editorial :
Projet de livre sur les blogues de science

L'ASP (Agence Science Presse), en collaboration avec les Éditions MultiMondes, propose en cette fin d'année de recueillir des articles rédigés sur des blogues scientifiques francophones afin de les rassembler dans un livre (plus de détails...).
Étant donné la qualité mondialement reconnue de nos articles, nous pensons soumettre deux de nos meilleurs billets au concours. Mais pour cela, nous avons besoin de vous, chers lecteurs...

Découverte :
ROSALIND : devenez le meilleur bioinformaticien du monde

ROSALIND est un nouveau site web commençant à se faire un nom dans le milieu de la bioinformatique. C'est une plateforme permettant d’apprendre la bioinformatique de manière ludique en donnant des problèmes a résoudre.
Chez bioinfo-fr on aime bien et on a trouvé judicieux de vous le présenter afin que vous puissiez vous en faire votre propre avis. Bonne découverte !

Journal Club :
Comment détecter, compiler et annoter des facteurs de transcription ?

Après la réunion de rentrée de tous les contributeurs du blog, nous avons décidé d'étendre la rubrique "Journal Club". Ainsi, il est désormais non seulement possible mais aussi fortement recommandé de proposer des billets discutant d'un article en particulier. Nous inaugurons cette extension avec un sujet passionnant : la détection de facteurs de transcription. Bonne lecture 🙂
Ce billet résume un article de revue rédigé sous forme de tutoriel et publié récemment en tant que protocole dans Gene Regulatory Networks : "How do you find transcription factors? Computational approaches to compile and annotate repertoires of regulators for any genome"...