Archives mensuelles: octobre 2012

Astuce :
Monter un serveur de test pour des besoins d’analyses en bioinformatique

Dans cet article je vais vous parler d'une facette un peu moins connue de la bioinformatique en vous présentant comment il est possible, à l'heure actuelle, d'assembler un serveur d’analyse bioinformatique avec un budget serré. Il ne s'agit pas d'une étude de marché très poussée mais d'un simple exemple du matériel qu'il est possible d'utiliser pour réaliser un serveur de développement performant...

Editorial :
Suivez nous sur les réseaux sociaux

Vous ne voulez pas rater la sortie du dernier article ? Vous voulez être tenus au courant en temps réel des conférences que nous couvrons ? Bref vous ne pouvez plus vous passer de nous ? Ça tombe bien, vous allez pouvoir nous suivre facilement sur les réseaux sociaux et ce dès aujourd'hui.
Bioinfo-fr vient d'ouvrir un compte Twitter et une page Google+ pour être encore plus proche de vous et vous permettre d'avoir de nos nouvelles le plus facilement possible...

Découverte :
Tester un système d'exploitation Unix

Un biologiste de passage sur bioinfo-fr.net pourra se demander comment tester un système d'exploitation libre tel qu'Ubuntu, sachant qu'il a toujours travaillé sous Windows©. Dans cet article, je donne quelques possibilités permettant d'essayer gratuitement ces systèmes d'exploitations, et ce sans chambouler son ordinateur et ses données... Les explications sont accessibles à tous, mais s'adressent avant tout à des biologistes s’orientant vers la bio-informatique, qui ne possèdent pas des connaissances très étendues sur le sujet...

Conférence :
ECCB - le bilan

Cet article a été rédigé par Guillaume Collet, Max et Yoann M. Les auteurs tiennent à remercier Hautbit pour sa relecture et ses commentaires pré-publication.
 
Les 8, 9, 10, 11, et 12 septembre derniers, nous étions à la conférence ECCB 2012 (European Conference on Computational Biology). Nous vous proposons, un mois après, un bilan de ces quelques jours. Évidemment, nous n'avons pas pu assister à toutes les sessions parallèles, n'hésitez donc pas à partager vos impressions si vous étiez parmi nous...

Bioinformatique :
Les matrices de substitution

Dans les premiers billets de ce blog, nous avons présenté les alignements multiples de séquences d'une part du point de vue des logiciels et ensuite du calcul de la conservation. Je vous propose aujourd'hui de revenir sur un point important : les matrices de substitution.

Découverte :
Introduction aux pipelines

Il vous est peut-être arrivé d'attendre qu'un logiciel A ait fini son travail pour pouvoir lancer un logiciel B, qui lui utilise la sortie du logiciel A. Si l'exécution de A ne prend que quelques secondes cela n'est pas trop grave. Par contre, si elle prend des heures et que vous devez vérifier régulièrement s’il a fini, cela peut très vite devenir fatigant. Une bonne solution serait de faire que le logiciel B s'exécute automatiquement quand A a fini et c'est cela que l'on appelle un pipeline...

Astuce :
Astuce : ajouter des options dans un script Bash avec getopt

But : comprendre le fonctionnement de getopt en Bash pour éviter la multiplications de script là où un seul générique pourrait suffire.
Prérequis : savoir faire des scripts Bash, connaître la substitution de commande et savoir manipuler les arguments.
Difficulté : 2 (moyen)
Pour ceux qui codent en Perl, vous connaissez déjà sûrement le module GetOpt et plus particulièrement son extension GetOpt::Long (ou encore le module getopt du langage Python)...