Archives mensuelles: septembre 2012

Bioinformatique :
Travailler avec des bases de données publiques

Dans un précédent article, intitulé "Base de données - notions" de nahoy, nous vous avons présenté ce qu'est une base de données et le principe de fonctionnement. Si vous n'avez aucune notion en base de données, ou si vous souhaitez une piqûre de rappel, je vous invite chaudement à lire cet excellent article avant de passer à la suite 🙂 !
Ici je ne vous parlerais pas d'une base de données en particulier mais plus des bases de données publiques...

Découverte :
Métagénomique et Graphique de Recrutement : chercher l'aiguille dans la botte de foin !

Un intérêt certain se développe pour la compréhension d'écosystèmes complexes comme les eaux, les sols ou encore les microbiomes (plus de 90% des cellules du corps humain sont en fait les bactéries qui peuplent son tube digestif). Plusieurs difficultés se posent :

la plupart des organismes présents ne sont pas facilement cultivables et donc individualisables
tous les organismes ne sont pas présents en quantité égale et, par extension, d'importance égale dans le fonctionnement de l'écosystème, sans corrélation stricte entre abondance et importance
certains de ces écosystèmes sont extrêmement riches et des centaines d'espèces peuvent se cacher dans quelques grammes de terreau ou quelques millilitres d'océan

Face à une tâche aussi ingrate que passionnante, les chercheurs ont trouvé une solution dans la célèbre phrase associée à la Croisade des Albigeois : «Tuez-les tous, Dieu reconnaîtra les siens», en l'adaptant légèrement :
«Séquencez-les tous, un doctorant fera le tri»
Ainsi naquît la Métagénomique et de grands projets comme le séquençage du rumen des vaches ou du microbiome humain, le projet METASOIL, le Global Ocean Survey et plus récemment le projet TARA...

Suivez l'guide :
Cours de R pour débutant pressé (introduction)

Bonjour à tous !
Aujourd’hui, je vous propose un premier petit cours/tutoriel de niveau « débutant », d’une série d’au moins 3, pour apprendre à faire quelques graphiques avec R et vous la péter devant vos collègues encore à grapher sous Excel.
Ce tutoriel s’adresse aux gens qui n’ont jamais codé, qui ne connaissent pas grand-chose à la programmation et qui sont avides de savoir/pouvoir (les deux choses étant liées)...

Bioinformatique :
Comment organiser sa veille en Bioinformatique ?

Librement traduit, complété et adapté de l’article “How to Stay Current in Bioinformatics/Genomics” par Stephen Turner. Stephen est "assistant professor" (c'est à dire professeur non encore titularisé) en santé publique, et directeur du bioinformatics core de l'Université de Virginie, et tient le blog Getting Things Done in Genetics & Bioinformatics Research.
Plusieurs personnes ayant demandé à Stephen comment il restait au courant de ce qu’il se passait dans son domaine, il a décidé de partager sa stratégie sur son blog...

Opinion :
Une question d'équilibre

De nombreux articles de bioinformatique commencent par une phrase du genre : "Les multiples projets de séquençage et les progrès technologiques réalisés ces dernières années permettent aujourd'hui de produire une énorme masse de données biologiques." Cette phrase sert en général à introduire l'utilisation d'algorithme plus rapide, le traitement en parallèle des données, ou leur utilisation massive afin d'extraire de la connaissance...

Contribuer :
Venez écrire avec nous !

À vos crayons, trousses et cartables ! La rentrée est bien là et il va falloir ranger les serviettes de plages et les tubes de crème solaire. Attention à ne pas ramener du sable sur votre clavier, ça risquerait de coincer...
Nous vous avons préparé pas mal de nouveautés qui arriveront dans le courant des mois de septembre/octobre si tout se passe pour le mieux. On vous tiendra bien évidemment au courant des détails !

Parlons peu, parlons bien : nous sommes actuellement sur nos plannings de publication...

Découverte :
L'Encyclopédie ENCODE : coup de génie ou coup de pub ?

Vous avez probablement entendu le buzz du web ou remarqué la soudaine augmentation d'articles autour du projet ENCODE (décodage du génome humain et de ses éléments fonctionnels). En 24 heures, il y a eu une quantité invraisemblable de communiqués de presse, billets de blogs et articles grand public dans les médias anglophones (et je passe sur les applications tablette...). La profusion euphorique laisse cependant transparaître quelques hics que je voudrais soumettre à vos yeux et cerveaux bien reposés des vacances et avides de lecture...