Archives mensuelles: septembre 2012

Bioinformatique :
Travailler avec des bases de données publiques

Dans un précédent article, intitulé "Base de données - notions" de nahoy, nous vous avons présenté ce qu'est une base de données et le principe de fonctionnement. Si vous n'avez aucune notion en base de données, ou si vous souhaitez une piqûre de rappel, je vous invite chaudement à lire cet excellent article avant de passer à la suite 🙂 !
Ici je ne vous parlerais pas d'une base de données en particulier mais plus des bases de données publiques...

Découverte :
Métagénomique et Graphique de Recrutement : chercher l'aiguille dans la botte de foin !

Un intérêt certain se développe pour la compréhension d'écosystèmes complexes comme les eaux, les sols ou encore les microbiomes (plus de 90% des cellules du corps humain sont en fait les bactéries qui peuplent son tube digestif). Plusieurs difficultés se posent :

la plupart des organismes présents ne sont pas facilement cultivables et donc individualisables
tous les organismes ne sont pas présents en quantité égale et, par extension, d'importance égale dans le fonctionnement de l'écosystème, sans corrélation stricte entre abondance et importance
certains de ces écosystèmes sont extrêmement riches et des centaines d'espèces peuvent se cacher dans quelques grammes de terreau ou quelques millilitres d'océan

Face à une tâche aussi ingrate que passionnante, les chercheurs ont trouvé une solution dans la célèbre phrase associée à la Croisade des Albigeois : «Tuez-les tous, Dieu reconnaîtra les siens», en l'adaptant légèrement :
«Séquencez-les tous, un doctorant fera le tri»
Ainsi naquît la Métagénomique et de grands projets comme le séquençage du rumen des vaches ou du microbiome humain, le projet METASOIL, le Global Ocean Survey et plus récemment le projet TARA...

Suivez l'guide :
Cours de R pour débutant pressé (introduction)