Archives mensuelles: août 2012

Découverte :
LaTeX, pour bien présenter et mettre en page

Qu'est-ce que LaTeX?
LaTeX (la casse est importante) est un langage de mise en forme de documents, extension du langage TeX, créé pour résoudre des problèmes d'écriture de formules mathématiques compliquées sur ordinateur. Contrairement à de nombreux logiciels de mise en forme, LaTeX se base sur le WYSIWYM (What You See Is What You Mean: ce que vous voyez est ce que vous voulez dire), par opposition aux logiciels comme Microsoft Word qui sont des WYSIWYG (What You See Is What You Get: ce que vous voyez est ce que vous obtenez)...

Bioinformatique :
Introduction à l'analyse d'images

Ce nouvel article a pour but de donner une brève introduction à l’analyse d’images numériques en bioinformatique. Je préfère prévenir tout de suite, je ne suis pas expert en la matière mais c’est un domaine que je trouve très intéressant et dont il est toujours utile d’avoir quelques notions, pour retoucher vos magnifiques photos de vacances mais surtout pour aider votre collègue biologiste en détresse devant son microscope...

Astuce :
Astuce programmation BioPython : Parser les multi-genbank et les multi-FASTA produits par Batch Entrez

Prérequis : Savoir 'un peu' se servir d'un shell et avoir installé Python et son module Bio.
But : Redécouper des multi-genbank ou des multi-FASTA en un fichier par entrée.
Difficulté : 2/5 (Facile)
Principe : Le NCBI propose un outil très pratique pour récupérer facilement des jeux de données diversifiés : BatchEntrez, vous trouverez plus d'information ici. On télécharge ainsi un fichier texte unique réunissant toutes les données...

Bioinformatique :
Les arbres phylogénétiques : construction et interprétation

Après avoir discuté des alignements multiples (MSA), il s'avérait logique de vous présenter l'étape suivante : la construction d'arbres phylogénétiques. Je précise que je ne parlerai ici que de phylogénie moléculaire.
Le but de la phylogénie est de comprendre les relations de parenté, de retracer l’historique évolutif d’un gène, d’une famille de gènes ou d’une espèce. Les arbres phylogénétiques sont une très bonne manière de schématiser et d'appréhender ces relations rapidement...