Archives mensuelles: juillet 2012

Journal Club :
La nouvelle mode d'été : Journal Club au bord de la piscine

Comme vous l'avez certainement remarqué, le Journal Club du mois dernier n'a pas eu lieu. Je sais que vous en êtes profondément affligé(e)s, donc à charge de revanche, j'ai inclus des articles du mois passé. Il y a un peu plus de mots que d'habitude, mais quand on aime, on ne compte pas !

Bioinformatique :
La complétion de réseaux métaboliques

Il y a quelques temps, sur ce blog, j'ai publié un article qui parlait de la reconstruction automatique de réseaux métaboliques à partir d'un génome annoté. Dans cet article je vous ai promis de continuer à parler de ce sujet, notamment pour voir comment l'on pouvait améliorer la qualité d'un réseau métabolique fraichement créé. Pour rappel, la toute première reconstruction d'un réseau métabolique est habituellement de qualité variable, directement dépendant de la qualité de l'annotation du génome, que l'on appelle "draft métabolique"...

Bioinformatique :
Base de données - notions

Cet article a pour but d'introduire la notion de base de données. Il sera utile pour toute personne ayant déjà entendu le terme, mais ne sachant pas vraiment ce que c'est, ou à quoi cela sert.

Bioinformatique :
De l'intérêt des disciplines transversales

La bioinformatique fait partie de ce qu'on appelle les disciplines transversales, ces disciplines qui forment un trait d'union entre les disciplines dites classiques. Avec l'avancée des nouvelles technologies et l'étendues des connaissances qu'elles permettent d'acquérir, il devient de plus en plus nécessaire de repenser les différents domaines scientifiques, tant leur cloisonnement historique perd en pertinence...

Bioinformatique :
Edito d'été

Voilà, l'été est là ! JOBIM est passée, et bien passée. Nous attendions que le montage de la vidéo de notre présentation soit fini pour poster ces quelques nouvelles. Vous retrouverez donc l'intégralité de la présentation faite à JOBIM 2012 comme si vous y étiez ici et intégré à l'édito également. Un grand merci à Guillaume notre ingénieur son et images qui a fait un très bon travail...

Astuce :
Récupérez facilement des données hébergées par le NCBI : BatchEntrez

But : Les bases de données du NCBI abritent de très nombreuses informations : génomes, protéines, références bibliographiques, etc. Si vous souhaitez récupérer l'une d'entre-elles, une recherche sur le site est la solution la plus simple, mais si vous avez besoin de récupérer de nombreuses données dans un des formats proposés, alors le NCBI a mis l'outil BatchEntrez à votre disposition...

Bioinformatique :
JOBIM 2012 : le bilan

Les Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) se sont tenues du 3 au 6 juillet 2012 à l'Université de Rennes 1 et plusieurs membres de Bioinfo-Fr y participaient. Nous avons donc souhaité vous faire partager cette conférence, d'une part sur Twitter via le hashtag #JOBIM2012 mais aussi sur notre blog. Afin de rendre la lecture de cet article agréable, nous n'avons pas mis toutes les références aux articles scientifiques...

Bioinformatique :
Expo virtuelle "Le génome humain et la bioinformatique"

C'est ludique, c'est clair, c'est coloré, c'est intéressant... Non, nous ne sommes pas devenu(e)s adeptes d'une secte, cher lecteur. Nous venons de découvrir l'exposition virtuelle ChromosomeWalk, lancée par l'Institut Suisse de Bioinformatique.

Quand vous entrez, vous pouvez vous "arrêter devant" tout chromosome qui vous intéresse. Au fil des mots, on découvre plein de choses, souvent même oubliées par nous, les spécialistes 😉 Pour que le néophyte ne se perde pas en errances, chaque terme spécialisé est souligné et lorsqu'on passe la souris dessus, un rectangle avec la définition apparaît...

Astuce :
Comment travailler sur une grappe de serveurs (cluster)

Avec les avancées en biologie ces dernières années, la quantité de données produites et les ressources informatiques nécessaires à leur traitement ont grandement augmenté. Pour faire face à ces problèmes, l'une des solutions les plus répandues est la mise en place de grappes de serveurs (plus souvent désignées par le terme anglais computer cluster ou simplement cluster). Sur ces systèmes, les commandes à exécuter sont soumises à un gestionnaire de ressources qui répartit les tâches sur les ordinateurs du cluster...

J'ai lu :
J’ai lu : Bioinformatique – Génomique et post-génomique

Suite à l'article de Guillaume, voici le deuxième article de la rubrique J’ai lu, portant sur le livre « Bioinformatique – Génomique et post-génomique ».
Bioinformatique – Génomique et post-génomique
Ouvrage de Frédéric Dardel et François Képès, professeurs à l'École polytechnique, publié en 2002 aux Éditions École polytechnique. Une partie de l’œuvre est disponible sur google docs...