Archives mensuelles: juin 2012

Bioinformatique :
Introduction à Circos

La visualisation de données est un problème récurrent dans un grand nombre de disciplines. En bioinformatique, il est souvent difficile de représenter de manière efficace des quantités massives de données. Une « bonne » représentation graphique doit être adaptée au type de données que l’on souhaite visualiser et surtout aux résultats que l’on souhaite mettre en évidence. Par exemple, l’histogramme est un bon moyen d'étudier la répartition d’une variable, un graphe  est un moyen de visualisation efficace pour représenter des interactions, etc...

Astuce :
Command line Tips : passage de variable dans awk

But : Dans un fichier organisé en colonnes, nous allons extraire les lignes contenant un mot (donné en argument) dans une colonne fixée à l'avance (1ère colonne).
Prérequis : Connaître un peu le shell (pour l'exercice).
Difficulté : 2/5 (Facile)
Exercice : Pour agrémenter la note, on extraira dans quatre fichiers distincts les lignes contenant les quatre mots les plus représentés du fichier PDB ci-dessous (un mot, un fichier)...

Bioinformatique :
Bioconductor

Bioconductor
Voilà le sujet que l'on va aborder ensemble aujourd'hui. On va voir ce que c'est, à quoi cela sert, comment l'installer et bien-sûr l'utiliser.
Qu'est-ce donc ?
Je décrirais Bioconductor comme un projet participatif. Il est libre d'accès et son développement dépend de ce que la communauté veut bien y apporter. L'objectif est simple, offrir aux biologistes, un ensemble de programmes pour l'analyse de données, faciles à mettre en place et à utiliser...

Bioinformatique :
Edito - Un peu de nouvelles

Le mois de juin est maintenant bien entamé, nous gardons notre vitesse de croisière et espérons que cela vous convient toujours.
JOBIM arrive à grand pas, nous remercions d'ailleurs les organisateurs qui nous offrent du temps de parole pendant l'événement. Nous travaillons actuellement sur la présentation qui sera faite là-bas et nous vous encourageons vivement à venir nous rencontrer si vous avez des questions ou autres à propos du site...

Astuce :
Data Visualisation ou l'art de se faire comprendre

De nos jours il faut comprendre et se faire comprendre vite et bien. Une bonne présentation, un bon article ou bien un bon poster se distingue non seulement par un contenu pertinent mais aussi par des illustrations efficaces. On peut avoir la meilleure idée du monde, si on ne sait pas la mettre en valeur elle peut tout simplement passer à la trappe. Cet article a pour but de mettre en avant l'importance de bien présenter ses idées par des schémas et autres graphiques percutants et de rappeler que la forme influe tout autant sur l'audience que le fond...

Astuce :
SQL Tips : Les transactions

But : Comprendre ce qu'est une transaction au sens SQL du terme, savoir l'utiliser : les avantages, les limitations. J'aborderai superficiellement la notion de degré d'isolation.
Prérequis : Savoir faire des requêtes.
Difficulté : 1 (Facile)
Tout d'abord une définition volontairement simple : une transaction est un ensemble d'une ou plusieurs requêtes SQL regroupées au sein d'un bloc qui est exécuté sur un jeu de données...

Découverte :
Le séquençage, une histoire de générations

L'ADN (Acide DésoxyriboNucléique) est une molécule présente dans toutes les cellules des êtres vivants. Elle renferme l'information nécessaire pour se développer et se reproduire. L'information en elle-même est codée par la suite de quatre différents acides nucléiques ordonnés d'une façon compréhensible pour l'organisme.
Décrypter cette information est un enjeu majeur pour la recherche scientifique...

Bioinformatique :
TurboGears, petite mise en bouche

TurboGears, Django ou encore Ruby on Rails. Qui n'a jamais entendu parler d'un de ces Frameworks Web de nos jours ? Mais vous y êtes-vous déjà intéressé un peu de plus près ? Cet article sera l'occasion de s'y mettre par exemple !
 Késako ?
Commençons donc par le commencement : qu'est ce qu'un "web meta framework" ? C'est un kit de composants logiciels structurels qui sert à créer les fondations ainsi que les grandes lignes de tout ou d’une partie d'une application web...