Archives mensuelles: mai 2012

Bioinformatique :
La modélisation moléculaire

La modélisation moléculaire est un ensemble de méthodes permettant d'expliquer comment fonctionne le vivant. En effet, le vivant est une succession d’interactions entre différentes molécules : protéines, ADN, ARN, membranes, etc. Ces molécules interagissent les unes par rapport aux autres en fonction de plusieurs paramètres : leurs formes, leurs propriétés chimiques et leur environnement...

Astuce :
Trouver un emploi/une thèse en bioinformatique : quelques pistes

Parmi les lecteurs de Bioinfo-fr, il y a très probablement des étudiants de M2 qui, absorbés par leur stage de fin d'année, n'ont pas encore vraiment réfléchi à ce qu'ils voudraient faire à la rentrée ; des thésards dont la soutenance approche et qui aimeraient faire un post-doc à l'étranger ; ou encore des ingénieurs dont le CDD touche à sa fin et qui sont à la recherche d'un autre emploi...

Découverte :
Bien commencer en bioinformatique

"Je n'y connais rien en informatique", "C'est trop compliqué pour moi" ou "Je ne sais pas par où commencer" sont des phrases qui nous servent souvent d'excuse pour ne pas nous lancer dans le grand bain de la bioinformatique. Biologiste de formation, j'ai moi-même à plusieurs reprises repoussé l'échéance avant de sauter, ne sachant comment m'y prendre ou voulant commencer directement par des choses trop complexes...

Bioinformatique :
Filtre de Bloom

Comme vous le savez sans doute, la génomique tend à générer de plus en plus de données grâce à une forte réduction des coûts (cf graphique ci dessous). Depuis peu de temps, la génération des données n’est plus forcement le point limitant d’une étude, mais c’est l’analyse des données qui devient vraiment longue et coûteuse. De ce fait, les nouveaux logiciels que nous autre, bio-informaticien(ne)s, sommes amené(e)s à développer doivent prendre cette évolution en compte...

Bioinformatique :
J'ai lu : Bioinformatique - Principe d'utilisation des outils

Dans l'édito du mois de mai, nous vous avons promis une nouvelle rubrique J'ai lu. Et donc, le mois dernier, j'ai lu pour vous "Bio-informatique - Principes d'utilisation des outils" dont voici la revue.
Bioinformatique
Principes d'utilisation des outils
Ouvrage coordonné par Denis Tagu et Jean-Loup Risler, publié en 2010 aux éditions Quæ dans la collection Savoir faire.

Bioinformatique :
À la découverte de BioMart !

Dans le cadre de mon travail, j'ai récemment découvert un outil formidable pour la consultation et la récupération de données à partir de certaines banques : BioMart.

Après avoir passé la frustration de devoir utiliser l'interface du service fourni pour télécharger les différentes données dont j'avais besoin, je me suis renseignée davantage sur ce logiciel. De façon simpliste, on peut définir BioMart comme un programme que l'on peut trouver sur certaines banques sous la forme d'un service web...

Editorial :
Edito : Retour sur le mois d'avril

Bonjour à toutes et tous 🙂
Vous êtes toujours nombreux à nous visiter et nous vous en remercions ! Même si l'arrivée de nouveaux visiteurs a quelque peu baissé pendant le mois d'avril, le nombre de ceux qui reviennent sur le site a augmenté : nous avons donc des aficionados fidèles. Firefox et Chrome continuent à se partager pratiquement le gâteau navigateur, comptabilisant 56% et 33% des technologies, respectivement...

Bioinformatique :
Étude de la régulation de l'épissage alternatif

Je vais vous exposer dans cet articles un exemple de collaboration entre biologistes et bioinformaticiens afin de répondre à un problème biologique complexe : l'étude de la régulation de l'épissage alternatif. Je vais vous présenter dans un premier temps le contexte biologique, à savoir ce qu'est l'épissage et comment il est régulé. Puis je vais vous décrire les méthodes de biologie moléculaires permettant de détecter d'une part les événements épissages alternatifs (puces à exons, RNAseq), et d'autre part les liaisons protéines/ARN (iCLIP)...