Archives mensuelles: avril 2012

Bioinformatique :
Analyse des données de séquençage à ARN

Depuis quelques années, le domaine du séquençage de l'information génétique est rentré dans une nouvelle ère: “le séquençage de seconde génération”. Cette avancée technologique a permis une analyse plus en profondeur de l'ADN et l'ARN. Nous pouvons citer parmi ces nouvelles technologies le ChIP-seq (Chromatine Immuno Precipitation sequencing) ou RNA-seq (Séquençage à ARN).
Le projet de thèse que je mène en ce moment porte sur l'étude de l'évolution de l'épissage alternatif ainsi que ses éléments régulateurs chez les vertébrés...

Astuce :
Commandline Tips : Extraction du x-ième champ d'un fichier organisé en colonne

But : Dans un fichier organisé en colonne, extraire la (ou les) colonne(s) qui nous intéressent
Prérequis : Savoir utiliser grep est un plus.
Difficulté : 1/5 (Facile)
Nous souhaitons dans le fichier PDB 6CSC  extraire la première et la quatrième colonne des lignes débutant par le mot clef "ATOM"
Préparation des données :
La première chose à faire est d'extraire les lignes contenant avec mot clef "ATOM", pour cela nous allons utiliser grep...

Astuce :
Galaxy: Bien plus qu'un gestionnaire de workflows

Qu'est-ce que Galaxy ?
Galaxy est une application web écrite en Python destinée à faciliter la manipulation et l'analyse des données, dans le cadre de la recherche biomédicale. Elle permet d'utiliser des logiciels habituellement exécutés en ligne de commande de manière graphique, grâce à un système de plugins (« outils ») en XML et de templates Mako. Ces outils sont particulièrement puissants car ils peuvent exécuter n'importe quel langage ou programme...

Bioinformatique :
Alignements multiples : Calculer la conservation

Après le premier billet de Yoann introduisant les logiciels principaux permettant de produire des alignements multiples, je suis très heureux de continuer cette série d'articles en vous parlant du calcul de la conservation. Entendons-nous bien, je ne prétends pas vous donner la formule ultime permettant de calculer à coup sûr un score de conservation. De toutes façons, cette formule n'existe sans doute pas...

Découverte :
Présentation de l'association JeBiF

En bioinformatique, nous sommes souvent amenés à collaborer avec d’autres équipes, dans d’autres laboratoires... Connaître les différentes associations, sociétés, réseaux, groupements ou autres peut être utile. C'est à ce titre là que je souhaite partager mes connaissances et mes intérêts et vous présenter l'association JeBiF dont je suis membre.
Présentation de JebiF RSG-France

Que signifie JeBiF ?
JeBiF est le sigle pour Jeunes Bioinformaticiens de France...

Bioinformatique :
Revue de presse : Le printemps, les oiseaux et ... la biblio

Je dois l'avouer : ce mois est un cauchemar. Il y avait une tonne de choses passionnantes ! Alors, le choix d'en laisser certains en dehors m'a causé des nuits blanches... Je plaisante. J'en ai choisi donc quelques-unes espérant que le mélange gourmand et croquant fasse de l'ombre aux émissions culinaires de M6 (clin d'oeil aux Guignols). Bonne lecture !

Bioinformatique :
GPGPU, le "supercalculateur" du pauvre

En bioinformatique, nous sommes souvent amenés à travailler avec des données à grande échelle. Il suffit de voir le nombre de publications incluant les termes “large-scale”, “extensive” ou encore “high-throughput” pour s’en rendre compte. Dans la majorité des cas, on est satisfait du développement d’un outil quand celui-ci fait son job correctement en se souciant assez peu de son optimisation...

Bioinformatique :
Présentation du Master Bioinformatique de Bordeaux

Présentation
Foyer du fondateur de #bioinfo-fr (ainsi que quelques habitués), le Master de BioInformatique de l’Université Bordeaux 1 existe depuis 2003. Les cours sont dispensés à la fois sur le campus Pessac/Talence (université de Bordeaux 1) et le campus Carreire (université de Bordeaux Segalen). Ces deux campus se partagent respectivement les cours du domaine informatique et biologique, en partenariat avec le LaBRI (Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique)...

Bioinformatique :
Débuter avec l'API Ensembl (Perl)

But : Découvrir comment on peut accéder très simplement aux informations d'Ensembl à l'aide d'un script Perl.
Niveau : débutant.
Pré-requis : Avoir des notions de Perl allant jusqu'à l'utilisation de librairies. Avoir accès à une machine où les librairies Perl d'Ensembl sont installées.

Bioinformatique :
Edito

Et bien voila, notre premier mois d'existence vient de passer. Encore une fois, merci à vous pour votre toute jeune et fraîche fidélité, nous espèrons pouvoir vous contenter ainsi encore pendant longtemps !
L'heure est venue de faire place aux chiffres, car les chiffres parlent toujours mieux que des mots.
D'après notre outil d'analyse voici ce qu'il ressort de ce mois de Mars :

vous avez été environ 2000 visiteurs uniques à vous connecter sur le blog,
vous êtes environ 250 par jour à venir voir ce qu'il s'y passe,
plus de 10 000 pages ont été visitées,
 vous restez en moyenne environ 5 minutes sur le blog à chacune de vos visites,
le trio gagnant des pays de provenance des visiteurs est : la France en grand vainqueur (78% des visites), suivie par la Suisse (10%) qui est elle-même talonnée par l'Allemagne (2%)...