Archives mensuelles: mars 2012

Bioinformatique :
Présentation de l'IUT Génie Biologique option Bioinformatique d'Aurillac

Voici pour cette nouvelle semaine le deuxième article sur les formations de bioinformatique en France. Je vais vous présenter l'IUT Génie Biologique option Bioinformatique d'Aurillac, rattaché à l'université d’Auvergne. Cette formation en deux ans est, à ma connaissance, la seule qui permet de commencer la bioinformatique à la sortie du lycée. Les étudiants viennent majoritairement de terminale S (aucun prérequis en informatique n'est demandé) et la sélection se fait sur dossier...

Bioinformatique :
Edito

Nouvelle semaine, nouveaux articles.
Cette semaine encore nous accorderons une place à l'une des formations bioinformatique disponible en France. Il s'agira de l'IUT Bioinformatique d'Aurillac.
Notre reporter d'excellence devrait également nous faire un petit résumé de ce qui s'est passé à l’International Human Microbiome Congress 2012.
Vous êtes maintenant de plus en plus nombreux à visiter le blog et nous vous en remercions...

Astuce :
SQL Tips : Créer une table avec le résultat d'une requête

But : Notre but dans cette exemple est de pouvoir travailler sur une copie des lignes ayant une longueur comprisent entre 10 et 400. Mais cette astuce peux aussi être utilisée pour : Créer un clone d'une table, figer les données à un instant donné, travailler sur un sous ensemble de données, simplifier un ordre sql, etc.
Prérequis : Savoir afficher le(s) champs d'une table correspondant aux valeurs choisies (clause WHERE)...

Bioinformatique :
Exclusif : Bioinfo-fr au Congrès sur le microbiome humain #IHMC2012

Le Congrès international sur le microbiome humain 2012 (International Human Microbiome Congress 2012) a commencé hier, le 19 mars 2012, au Palais Brongniart à Paris. Bioinfo-fr était présent, évidemment 😉 Voici une petite mise en bouche.

Bioinformatique :
Présentation du master BIBS d'Orsay (Paris XI)

Cet article ouvre une catégorie sur les formations de bioinformatique en France (et pourquoi pas ailleurs). Je vais donc vous parler du Master que j'ai suivi : le master Bioinformatique et Biostatistiques (BIBS) d'Orsay (Paris XI) co-habilité par l’École Polytechnique. Ce master à plusieurs années mais il a sa forme actuelle pour la 2ème année consécutive.

La bioinformatique est, comme la biologie, très vaste...

Bioinformatique :
JOBIM 2012 : interview exclusive des organisateurs

Tous les ans, les bioinformaticiens francophones de tout horizons sont conviés à JOBIM (Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques). Nous avons profité de la proximité des deux principaux organisateurs de l'évènement de cette année pour aller les rencontrer et leur poser quelques questions…
 

 
 
 
 
 
 

Bioinformatique :
Edito

Bonjour à tous,
Nouvelle semaine qui commence et donc nouveaux articles en prévision.
Tout d'abord merci à tous pour votre intérêt.
À titre d'information, nous avons dénombré quelques 1100 visiteurs uniques le jour de l'annonce sur la liste de la SFBI. Merci encore à eux pour ce fantastique moyen de diffusion.
Notre objectif est donc de vous intéresser et de vous faire revenir. Nous vous autorisons également à en parler autour de vous !
Voici le "menu" de cette semaine :

Une interview exclusive des responsables de l'organisation des prochaines JOBIM...

Bioinformatique :
Alignements multiples : quels logiciels choisir ?

Le but de cet article est de faire gagner du temps à vous, bioinformaticiens, qui comme moi auront un jour à travailler sur ce large sujet que sont les alignements multiples (ou MSA pour Multiple Sequence Alignements).
Dans le cadre de mon travail, j’ai eu à réaliser des alignements de séquences sur un nombre de séquences important et assez longues. Dans un premier temps, j'ai songé à appliquer mes connaissances acquises durant ma formation universitaire (Master de Bioinformatique de Bordeaux au passage, un peu de pub ne fera pas de mal à cette excellente formation française)...

Bioinformatique :
Métagénomique : différences fondamentales avec la génomique

La métagénomique ? késako ?
 Depuis quelques années, la métagénomique semble s'installer de plus en plus parmi les sciences du vivant. Bien que plusieurs techniques et modi operandi se cachent derrière le terme "métagénomique", on peut y apposer une définition générale : la métagénomique vise à étudier l'ensemble des génomes issus d'un même milieu ainsi que les interactions entre ces génomes...

Bioinformatique :
Récupérer la fiche d'un gène avec les Eutils du NCBI

En bioinformatique il n'est pas rare que l'on ait besoin d’accéder à des informations disponibles sur des bases de données internationales, nous verrons ici le cas de la banque Gene du NCBI. Avant de s'intéresser à la récupération d'une fiche d'un gène en passant par les Eutils, un peu de théorie et d'explications sur une fiche type s'impose.