Bioinformatique :
J'ai lu: Statistiques pour statophobes

Bonjour à tous. J'aimerais partager avec vous un ouvrage qui a changé ma vie professionnelle, à plusieurs niveaux. En lieu et place d'une introduction, je vous offre quelques morceaux choisis, avec lesquels mes talents de rédactrice ne peuvent pas espérer lutter.

Abstract:
"Une introduction au monde des tests statistiques à l'intention des étudiants qui n'y entravent que pouic et qui détestent les maths par-dessus le marché...

Bioinformatique :
Quel bioinformaticien êtes-vous ?

Il est temps de reprendre le clavier et de calmer votre manque d'articles. Nous allons nous y remettre tout doucement en vous proposant aujourd'hui une vision que nous pensons juste, bien que parfois un peu décalée, des divers types de bioinformaticiens existants.
Si vous êtes vous-même un bioinformaticien averti, ces différents "portraits" devraient vous rappeler des collègues ou même, tout simplement, vous...

Bioinformatique :
Les identifiants : a (name)space oddity

Sur Bioinfo-fr.net, nous avons plusieurs fois parlé des bases de données biologiques. Que ce soit du point de vue de la gestion, de l'exploitation ou même du stockage physique. J'aimerai revenir aujourd'hui sur un souci qui se présente souvent lors de l'exploitation de plusieurs bases de données : les identifiants.
Un objet biologique dans une base de données est représenté par un identifiant...

Bioinformatique :
Bioinformatique : de sa génèse à nos jours, vue par la génétique

Pour de nombreux bioinformaticiens, les origines de la bioinformatique coulent de source. Cela nous a été enseigné lors de nos cursus ou, pour certains, ça a été une conversion normale par rapport à la formation d'origine -comprendre un informaticien qui travaille dans le domaine biologique.
Pour d'autres personnes, bioinformaticiennes ou non, les origines de la bioinformatique peuvent paraître floues, voire ne pas exister...

Bioinformatique :
Les indices....

Les indices sont là !!! Précipitez vous ! Vous avez encore des chances de gagner. Clôture du concours le vendredi 21 décembre 23h59 (avant la fin du monde).

Nous annoncerons les gagnants le lundi 7 janvier.
 
En vous souhaitant de bonnes fêtes de fin d'année.
L'équipe bioinfo-fr.net, en vacances (bien méritées) jusqu'au 7 janvier 2013.

Bioinformatique :
Les matrices de substitution

Dans les premiers billets de ce blog, nous avons présenté les alignements multiples de séquences d'une part du point de vue des logiciels et ensuite du calcul de la conservation. Je vous propose aujourd'hui de revenir sur un point important : les matrices de substitution.

Bioinformatique :
Travailler avec des bases de données publiques

Dans un précédent article, intitulé "Base de données - notions" de nahoy, nous vous avons présenté ce qu'est une base de données et le principe de fonctionnement. Si vous n'avez aucune notion en base de données, ou si vous souhaitez une piqûre de rappel, je vous invite chaudement à lire cet excellent article avant de passer à la suite 🙂 !
Ici je ne vous parlerais pas d'une base de données en particulier mais plus des bases de données publiques...

Bioinformatique :
Comment organiser sa veille en Bioinformatique ?

Librement traduit, complété et adapté de l’article “How to Stay Current in Bioinformatics/Genomics” par Stephen Turner. Stephen est "assistant professor" (c'est à dire professeur non encore titularisé) en santé publique, et directeur du bioinformatics core de l'Université de Virginie, et tient le blog Getting Things Done in Genetics & Bioinformatics Research.
Plusieurs personnes ayant demandé à Stephen comment il restait au courant de ce qu’il se passait dans son domaine, il a décidé de partager sa stratégie sur son blog...

Bioinformatique :
Introduction à l'analyse d'images

Ce nouvel article a pour but de donner une brève introduction à l’analyse d’images numériques en bioinformatique. Je préfère prévenir tout de suite, je ne suis pas expert en la matière mais c’est un domaine que je trouve très intéressant et dont il est toujours utile d’avoir quelques notions, pour retoucher vos magnifiques photos de vacances mais surtout pour aider votre collègue biologiste en détresse devant son microscope...

Astuce :
Astuce programmation BioPython : Parser les multi-genbank et les multi-FASTA produits par Batch Entrez

Prérequis : Savoir 'un peu' se servir d'un shell et avoir installé Python et son module Bio.
But : Redécouper des multi-genbank ou des multi-FASTA en un fichier par entrée.
Difficulté : 2/5 (Facile)
Principe : Le NCBI propose un outil très pratique pour récupérer facilement des jeux de données diversifiés : BatchEntrez, vous trouverez plus d'information ici. On télécharge ainsi un fichier texte unique réunissant toutes les données...