Les vacances

Upsy vous souhaite de bonnes vacances !

Upsy vous souhaite de bonnes vacances !

L'été est enfin arrivé et nous allons prendre des vacances bien méritées. Ne vous inquiétez pas, nous serons de retour en septembre avec de nouveaux articles toujours plus intéressants sur le FBA, l'EMBL ou encore un tutoriel sur l'analyse de données RNAseq, mais nous n'en dirons pas plus car ils sont encore en préparation. Nous ne voudrions pas mettre la pression à nos rédacteurs chevronnés. En effet, il faut l'avouer : la bioinformatique au bord de la piscine, ce n'est pas de facile...

Nous partons donc un mois au soleil, sans nouvelles, mais nous allons en profiter pour brosser notre page équipe et mettre à l'honneur chaque personne contribuant à ce merveilleux blog que vous avez sous les yeux.

Ce sera long sans vous...
Bonnes vacances à tous et à dans un mois avec un nouveau thème tout beau, tout neuf !!!

 

Édito

Bulle :

Test strip sur le blog

Surgery (XKCD)

Surgery (XKCD)

Conférence :
JOBIM2013 : le bilan

Ça y est, les JOBIM 2013 ont eu lieu. Cela se passait à Toulouse au Centre des Congrès Pierre Baudis. Ce fut une semaine bien chargée et bioinformatiquement très intéressante. Les sessions plénières ainsi que les parallèles ont rencontré un certain succès. Cette année les conférenciers invités étaient au nombre de six : Simon Anders (EMBL, Heildelberg), Christine Brun (TAGC, Marseille), Laurent Duret (LBBE, Lyon), Jean-Loup Faulon (Université d'Evry), Roderic Guigo (CRG, Barcelone) et Pedro Mendes (Université de Manchester)...

Découverte :
L'indice de Jaccard, pas qu'une histoire de mailles...

J'ai utilisé dernièrement l'indice de Jaccard pour comparer des ensembles de mots. Comme c'est une mesure assez classique et plutôt utile, j'ai décidé de vous en parler un peu. Donc voici une introduction à l'indice de Jaccard, à ne pas confondre avec le pull Jacquard, ce n'est pas du tout la même chose.

L'indice de Jaccard est une mesure simple de similarité entre deux ensembles d'objets proposée par Paul Jaccard en 1901 [1,2]...

Conférence :
GGMM 2013 : le bilan

Votre super reporter s'est rendu à deux congrès au mois de Mai, que vous avez pu suivre en direct via des live-tweets. Pour ceux qui ont raté le coche et pour les autre aussi, voici un résumé de ce qui s'est passé durant le premier congrès. GGMM, pour Groupe de Graphisme et Modélisation Moléculaire, est un congrès qui se tient tous les deux ans, et qui a pour objectif... la modélisation moléculaire...

Suivez l'guide :
Suivez le guide : en quête de HMM

Bases Théoriques :
Une chaîne de Markov , ça vous dit quelque chose? Une classe de modèles de Markov, appelée Modèle de Markov Caché (Hidden Markov Model, HMM), est un modèle mathématique permettant de segmenter un signal observé en régions (états cachés) définis par le modèle. Lequel est composé de quatre éléments : N états, une matrice d’émissions, des conditions initiales et une matrice de transition...

Entretien :
Questions à... Olivier Gascuel

A la veille des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique, Mathématiques (JOBIM), nous avons trouvé intéressant de revenir à la création de cette conférence. Pour cela, nous avons rencontré Olivier Gascuel, directeur de recherches CNRS au Laboratoire d'Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM), médaille d'argent du CNRS en 2009, qui nous emmène avec lui quelques années en arrière...

Astuce :
Fusionner des fichiers entre eux : la commande join

Langage : shell
Commande présentée : join
Niveau : débutant
Présentation de la commande join
La commande join est disponible nativement sur les systèmes d'exploitation GNU/Linux. Il s'agit d'une commande POSIX et elle est donc présente sur tous les systèmes d'exploitation UNIX et UNIX-Like. La plupart des gens utilisent cette commande pour récupérer les lignes communes entre deux fichiers mais elle ne se limite pas à ce seul cas...

Bioinformatique :
J'ai lu: Statistiques pour statophobes

Bonjour à tous. J'aimerais partager avec vous un ouvrage qui a changé ma vie professionnelle, à plusieurs niveaux. En lieu et place d'une introduction, je vous offre quelques morceaux choisis, avec lesquels mes talents de rédactrice ne peuvent pas espérer lutter.

Abstract:
"Une introduction au monde des tests statistiques à l'intention des étudiants qui n'y entravent que pouic et qui détestent les maths par-dessus le marché...

Découverte :
Jouez avec vos données : utilisez un ORM

Il y a quelques temps, je vous ai parlé de base de données, un super moyen pour structurer vos données.
Vous êtes maintenant j'en suis sûr, des professionnels du SELECT, des JOIN et autres ALTER. C'est bien, très bien même, mais maintenant je vais vous apprendre à vous en passer. Et oui, la ligne de commande c'est sympa pour des choses simples et/ou rapides, mais dès que vous voulez plus de complexité, il devient difficile de travailler sans un langage de plus haut niveau...

Découverte :
DNase-seq, FAIRE-seq, ChIP-seq, trois outils d'analyse de la régulation de l'expression des gènes

La régulation de la transcription est un processus indispensable aux cellules pour permettre leur différenciation, exprimer leur spécificité, assurer leur développement, leur prolifération ou encore pour leur permettre de s'adapter à un environnement. L'étude de la régulation de la transcription passe par l'identification d'éléments clés gouvernant ces processus biologiques.
Ces éléments de régulations se distinguent en deux groupes : les régions cis-régulatrices (région de l'ADN ayant la particularité de contrôler l'expression de gènes plus ou moins éloignés), et les éléments trans (protéines de liaison à l'ADN reconnaissant la plupart du temps les séquences cis)...